knitr과 함께 SCons를 사용하는 예제

Question

SCons 및 knitr을 사용하여 .Rmd 개의 파일에서 보고서를 생성하는 최소 또는 더 큰 작업 예제가 있습니까? 커맨드 라인 (bash 쉘)을 .html 파일을 도출로부터 cleaning_session.Rmd 파일을 보내고

가

knit 통해 수행 될 수있다 :이 example에서

Rscript -e "library(knitr); knit('cleaning_session.Rmd')". 

, RSCRIPT 및 사용은 Make 파일로 공급된다

RMDFILE=test 

html : 
    Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$(RMDFILE).rmd', '$(RMDFILE).md'); markdownToHTML('$(RMDFILE).md', '$(RMDFILE).html', options=c('use_xhtml', 'base64_images')); browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'$(RMDFILE).html'), sep='' 

이 대답 https://stackoverflow.com/a/10945832/1172302에는 SCons를 사용하는 솔루션이 있다고합니다. 그러나, 나는 그것이 나를 위해 일할만큼 충분히 시험하지 않았다. 기본적으로 https://tex.stackexchange.com/a/26573/8272에 표시된 예제와 같은 것을 사용하는 것이 좋습니다.

Answer 1

[업데이트 하나 일 예는 Sconstruct 파일입니다

• knit라는 사용자 정의 스크립트를 호출 첫 번째 빌더

  import os 
  environment = Environment(ENV=os.environ) 
  
  # define a `knitr` builder 
  builder = Builder(action = '/usr/local/bin/knit $SOURCE -o $TARGET', 
          src_suffix='Rmd') 
  
  # add builders as "Knit", "RMD" 
  environment.Append(BUILDERS = {'Knit' : builder}) 
  
  # define an `rmarkdown::render()` builder 
  builder = Builder(action = '/usr/bin/Rscript -e "rmarkdown::render(input=\'$SOURCE\', output_file=\'$TARGET\')"', 
       src_suffix='Rmd') 
  
  environment.Append(BUILDERS = {'RMD' : builder}) 
  
  # define source (and target files -- currently useless, since not defined above!) 
  
  # main cleaning session code 
  environment.RMD(source='cleaning_session.Rmd', target='cleaning_session.html') 
  
  # documentation of the Cleaning Process 
  environment.Knit(source='Cleaning_Process.Rmd', target='Cleaning_Process.html') 
  
  # documentation of data 
  environment.Knit(source='Code_Book.Rmd', target='Code_Book.html') 
  

  . 이 파일은 대상 파일/확장자를 처리합니다. 여기서는 cleaning_session.html입니다. 이 예제에서 suffix 매개 변수가 모두 필요하지는 않은 것으로 보입니다.

• 두 번째 빌더이 추가 된 파일은 Rscript -e "rmarkdown::render(\'$SOURCE\')"'입니다.

• Command wrapper의 예에서와 같이 SCons은 대상 파일이 이미 존재하는 경우 작업을 반복하지 않도록합니다.

(소스 나는 현재 검색 할 수 없습니다) 사용자 정의 스크립트입니다 :

#!/usr/bin/env Rscript 

local({ 
    p = commandArgs(TRUE) 
    if (length(p) == 0L || any(c('-h', '--help') %in% p)) { 
    message('usage: knit input [input2 input3] [-n] [-o output output2 output3] 
    -h, --help  to print help messages 
    -n, --no-convert do not convert tex to pdf, markdown to html, etc 
    -o    output filename(s) for knit()') 
    q('no') 
    } 

    library(knitr) 
    o = match('-o', p) 
    if (is.na(o)) output = NA else { 
    output = tail(p, length(p) - o) 
    p = head(p, o - 1L) 
    } 
    nc = c('-n', '--no-convert') 
    knit_fun = if (any(nc %in% p)) { 
    p = setdiff(p, nc) 
    knit 
    } else { 
    if (length(p) == 0L) stop('no input file provided') 
    if (grepl('\\.(R|S)(nw|tex)$', p[1])) { 
     function(x, ...) knit2pdf(x, ..., clean = TRUE) 
    } else { 
     if (grepl('\\.R(md|markdown)$', p[1])) knit2html else knit 
    } 
    } 

    mapply(knit_fun, p, output = output, MoreArgs = list(envir = globalenv())) 
}) 

있는 유일한 방법은, 지금은 필요가 scons를 실행하는 것입니다.