snakemake가 출력 디렉토리를 만들지 않도록하십시오.

Question

snakemake가 아직 존재하지 않는 출력을위한 디렉토리를 만들지 못하게 할 방법이 있습니까?

fimo MEME 스위트에서 실행하면 디렉토리가 이미 존재하는 경우 문제가 발생합니다.

해결 방법 fimo은 output에 지정된 것보다 출력 할 다른 디렉토리를 제공하지만 좀 더 간단하고 세련된 해결책이 있는지 궁금해하고 있습니다. 주어진

예 : 사전에

rule generate_scan: 
     output: 
      PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt' 
     params: 
      genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa', 
      motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme', 
      tmp = 'results/tmp_fimo' 
     shell: 
      '/home/hjp/meme/bin/fimo' 
      ' -o {params.tmp}' 
      ' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A' 
      ' {params.motif_database}' 
      ' {params.genome}' 
      ' && ' 
      'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/' 
      ' && ' 
      'rm -rf {params.tmp}' 

감사합니다!

Answer 1

현재 Snakemake에서는이 문제를 직접적으로 방지 할 수 없습니다 (대부분의 도구는 다른 방법으로 불평합니다). 그러나 fimo의 실제 호출 앞에 출력 디렉토리에 rm -r을 추가합니다.