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방대한 .Tree 파일로 작업 중이며이를 구문 분석하고 .csv 파일을 기반으로 트리밍 할 방법을 찾고 있습니다. 나는 원하는 것을 선택하는 .csv 형식으로 뿌리와 가지를 분류하는 파일을 가지고있다. 대용량 .tree이므로 iTOL의 대화 형보기가 작동하지 않으며 트리가 방대해 대부분의 GUI가 작동하지 않습니다..csv 파일로 .tree 데이터를 필터링하십시오.
A
답변
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체크 아웃 newick_utils nw_prune을 사용하여 원하지 않는 분기를 잘라내거나 nw_clade를 사용하여 하위 트리를 추출 할 수 있습니다.
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biopython을 보려면 ete2를 조사하십시오. csv 파일을 기반으로 트리의 newick 형식 컬 부분에서 트리를 구문 분석 할 수 있습니다. 하찮은해야 :) – Stylize