R을 사용하여 Tanimoto/Jacquard Score를 거리 행렬로 계산하는 방법

Question

거리 행렬로 Tanimoto/Jacquard Score를 사용하여 R의 배열에서 행의 거리 행렬을 계산하고 싶습니다.

할 수 있습니까? 그렇다면 어떻게 할 수 있는지 가르쳐 주시겠습니까?

Answer 1

"Jacquard"보다는 "Jaccard"를 찾는 것이 훨씬 더 운이 좋을 것 같습니다.

• 는 'SOS'패키지 (install.packages("sos")) 이러한 문자열 (library(sos); findFn("tanimoto jaccard"))와 기능에 대한
• 검색을 설치합니다. 당신이 그것을 사용하는 방법을 알아낼 수없는 경우
• , 귀하의 질문을 수정의 작은 재현 예를주고, 적절한 무엇인가에 대한 결과를 통해
• 찌르지는 (install.packages("ade4"); library("ade4"); ?dist.binarythis 아마 당신의 최선의 선택처럼 그것은 나에게 보인다) 당신은 무엇을하길 원합니까.

Answer 2

vegan 패키지에는 다른 것들 중에서도 Jaccard 인덱스를 계산할 수있는 vegdist 함수가 있습니다. 그것이 당신이 쫓고있는 것이라고 가정합니다. 그것은 사용이 매우 간단합니다.

library(vegan) 
data(varespec) 
vare.dist <- vegdist(varespec, method = "jaccard") 

다른 가능한 방법은

method Dissimilarity index, partial match to "manhattan", "euclidean", 
"canberra", "bray", "kulczynski", "jaccard", "gower", "altGower", "morisita", 
"horn", "mountford", "raup" , "binomial" or "chao" 

있습니다