여러 비교를위한 옵션 채식주의 자 Adonis

vegan 패키지의 adonis 기능을 사용하여 여러 다른 요소 사이의 커뮤니티 (PCB 동종자)의 차이점을 확인할 수 있습니다. 또한 simper 서브 루틴을 사용하여 관찰 된 차이점에 가장 많은 공헌을 한 커뮤니티 회원을 평가하기로 결정했습니다. simper 함수에 여러 요소를 포함 할 수있는 방법이 있습니까? 이 adonis 모델 (아래 참조)을 실행했고 이는 simper 루틴 (현재 작동하지 않음)의 코드입니다. 많은 감사합니다.여러 비교를위한 옵션 채식주의 자 Adonis

#Adonis model 
pcbtest3<-adonis(pcbcong~FISH_CLASS+REACH+BASIN,data=pcbcov,method="bray",permutations=999) 
pcbcong=matrix of community dissimilarities 
FISH_CLASS,REACH, BASIN are factors 
#Simper 
simp<-with(pcbcov, simper(pcbcong,(FISH_CLASS, BASIN, REACH)))

출처

2014-01-19 outside842

simper은 하나의 그룹화 변수에서만 사용할 수 있습니다.

해결 방법은 interaction()을 사용하여 세 가지 요소 모두에서 새 그룹화 변수를 만드는 것입니다.

이 해석은 어색 할 것입니다 (얼마나 많은 요소 수준에 따라 다르겠습니까?) 나는 그것이 의미가 있는지조차 모릅니다. 조심하십시오.

출처

2014-01-19 23:34:23 EDi

내 요인 : FISH_CLASS에는 2 단계, REACH에는 2 단계, BASIN에는 3 단계가 있습니다. 모든 요소를 하나로 그룹화하고 더 똑똑한 새로운 요소를 만드는 것은 부적절한가요? – outside842

이것은 66 개의 비교로 이어질 것입니다 - 너무 행복해 지는데 ... – EDi

안수 기법을 사용하지 않겠습니까? (아마도 dbRDA 또는 다른 tbRDA?) – EDi

여러 비교를위한 옵션 채식주의 자 Adonis

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