단안경

Question

사람이 R에 단 안경 패키지를 사용 경험이있는 경우 내에서 설정 셀의 데이터 부분 집합 :

내가 샘플 이름의 벡터를 기반으로 내 데이터를 부분 집합 노력하고 있어요,하지만 나는 그것을 달성 할 수 없다.

x@phenoData$sampleNames <- example.cells 

그러나 나는이 오류가 무엇입니까 :

나는 시도에 의해

replacement has 661 rows, data has 5809

나는 부분 집합하려고 목적은 셀 데이터 세트 (CDS) 인 쇠라 객체로부터 생성을 importCDS 함수.

또한 Seurat 개체의 meta.data에 속하며 CDS로 변환 된 후 phenoData의 varLabels 슬롯 아래에 나열되는 "CellType"이라고하는 모든 샘플에 셀 유형을 지정했습니다.

위의 변수 중 하나를 기반으로 하위 집합을 돕기를 원합니다. 감사합니다.

Answer 1

여기 : x@phenoData$sampleNames <- example.cells은 서브 셋팅 대신 샘플 처리를 나타내는 데이터 프레임에 새로운 데이터를 추가합니다.

이를 사용하여 부울 벡터 (참, 거짓) 및 필터를 검색 할 수 x@phenoData$sampleNames %in% example.cells를 사용해보십시오 :

x@phenoData[x@phenoData$sampleNames %in% example.cells,]

하나의 작은 편집이 5 월 엉망 당신의 CDS 데이터 구조를하므로주의해야합니다. CDS를 생성하기 전에 필터링하거나 이전 데이터에서 새 것을 생성하는 것이 좋습니다.