한 번

Question

안녕 나의 마음에 드는 코딩 전문가에 두 개의 파일을 통해, 루프,

나는 R에서 한 번에 두 개의 파일을 통해 루프를 시도하고있다 : 하나의 '사건'파일을 IE와 다른 '제어'파일 , 그래프를 만들고 pdf로 덤프 한 다음 다른 두 세트의 파일을 가져 와서 같은 작업을 반복합니다. 나는 파일이 제어는 다음과 같이 인 경우이고 있는지를 나타내는 목록을 가지고 :

다음과 같이 재현 할 수있는 등

case control 
A01 G01 
A02 G02 
A06 G03 

과 ... : myList에 < - "data.frame (rbind (C (("A01", "G01"), c ("A02", "G02"), c ("A06", "G03"))) colname (mylist) < -c ('control', 'case')

나는 각각의 시간을 통해 루프에이 파일을 지정하는 방법을 찾을 수 없습니다. 파일 (많은 변수와 각 파일)입니다 : "/ 사용자/francy/데스크탑/cc_files_A01", ""/ 사용자/francy/데스크탑/cc_files_A02 ","/ 사용자/francy/데스크탑/cc_files_A06 ","/ 사용자/francy/데스크탑/cc_files_G01는 ","/ 사용자/francy은/데스크탑/cc_files_G02 ","/ 사용자/francy은/데스크탑/cc_files_G03 "케이스와 컨트롤의 각 세트의

, 나는이 일을하고 싶습니다 :

.

,536,913,632 :

case<- read.table(file="/Users/francy/Desktop/case_files_A01.txt", sep = '\t', header = F) 
case <- case[,c(1,2,19,20)] 
colnames(case)<- c("ID", "fname", "lname", "Position") 

control<- read.table(file="/Users/francy/Desktop/case_files_G01.txt", sep = '\t', header = F) 
control <- control[,c(1,2,19,20)] 
colnames(control)<- c("ID", "fname", "lname", "Position") 

#t-test Position: 
test<- t.test(case[20],control[20]) 
p.value= round(test$p.value, digits=3) 
mean_case= round(mean(case[20], na.rm=T), digits=2) 
mean_control= round(mean(control[20], na.rm=T), digits=2) 

boxplot(c(case[20], control[20]), names=c(paste("case", "mean", mean_case,  sep=":"),paste("control", "mean", mean_control, sep=":"))) 

그리고 모든 상자 그림과 PDF 파일을 생성 할

이것은 내가 지금 무엇을 가지고

myFiles <- list.files(path= "/mypath/", pattern=".txt") 
pdf('/home/graph.pdf') 
for (x in myFiles) { 
    control <- read.table(file = myFiles[x], sep = '\t', header = F) 
    ## How do I specify that is the other file here, and which file it is? 
    case <- read.table(file = myFiles[x], sep = '\t', header = F) 
} 

어떤 도움 (10)는 매우 감사합니다. 고맙습니다!

Answer 1

왜 그냥 목록을 통해 루프에 파일의 쌍을 통과하지 :

이 "목록"은 data.frame lcc에있는 경우, 당신은 같은 일을 할 수 있을까?

files <- list(
    c("fileA","fileB"), 
    c("fileC","fileD") 
) 

for(f in files) { 
    cat("~~~~~~~~\n") 
    cat("f[1] is",f[1],"~ f[2] is",f[2],"\n") 
} 

루프가 실행 처음 f 목록 files의 첫 번째 요소가 포함되어 있습니다. 첫 번째 요소는 길이 두 문자 벡터이므로 f[1]는 한 쌍의 파일명을 포함하고, f[2]는 제를 포함한다. 위의 코드의 인쇄물을 보면 알 수 있습니다.

Answer 2

환자군과 대조군의 목록을 가정 것은 R 객체 (dataframe 또는 매트릭스)에이 mylist라고 :

for (x in seq_along(nrow(mylist)) { 
    case <- read.table(file = paste("/my/path/", mylist[x, "case"], ".txt", sep = ""), 
         sep = "\t", header = F) 
    control <- read.table(file = paste("/my/path/", mylist[x, "control"], ".txt", sep = ""), 
         sep = "\t", header = F) 
    ## your code here ## 
} 

Answer 3

아마이 경우에 더 의미가 무엇

, 당신의 "목록에서 두 개의 파일 이름을 구축하고있다 "(data.frame?) 케이스와 컨트롤.

for(i in seq(nrow(lcc))) 
{ 
    currentcase<-lcc$case[i] 
    currentcontrol<-lcc$control[i] 
    currentcasefilename<-paste("someprefix_", currentcase, "_somepostfix.txt") 
    currentcontrolfilename<-paste("someprefix_", currentcontrol, "_somepostfix.txt") 
    #now open and process both files... 
}