2016-11-18 1 views
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opencpu를 사용하여 flexsurv 패키지에서 함수를 호출하려고합니다. 나는 OSX Sierra에서 실행 중이다.Opencpu 호출이 예상보다 오래 걸림

나는 사전로드 된 패키지 목록에서 flexsurv 포함하도록 내 opencpu의의 .conf 파일을 수정 한 :

{ 
"enable.api.library": true, 
"enable.api.apps": true, 
"enable.api.bioc": true, 
"enable.api.cran": true, 
"enable.api.gist": true, 
"enable.api.github": true, 
"enable.api.user": true, 
"enable.api.tmp": true, 
"enable.cors" : true, 
"enable.post.code": true, 
"error.showcall": true, 
"gist.cache": 300, 
"github.cache": 86400, 
"cran.cache": 86400, 
"public.url" : "https://public.opencpu.org/ocpu", 
"smtp.server" : "localhost", 
"httpcache.post": 300, 
"httpcache.lib": 86400, 
"httpcache.git": 900, 
"httpcache.gitapi": 120, 
"httpcache.tmp": 86400, 
"httpcache.cran": 86400, 
"httpcache.static": 31536000, 
"httpcache.bioc": 31536000, 
"key.length" : 9, 
"appspaths": "/usr/local/lib/opencpu/apps-library", 
"repos": "http://cran.rstudio.com", 
"rlimit.as": 2e9, 
"rlimit.fsize": 1e8, 
"rlimit.nproc": 50, 
"timelimit.get": 600, 
"timelimit.post": 90, 
"timelimit.webhook": 900, 
"preload": ["ggplot2", "lattice","survival","flexsurv"] 

} 그때 개방 CPU를 시작하고 컬의 다음 호출 할

:

curl localhost:7210/ocpu/library/flexsurv/R/pgompertz/json -d "q=[0,1,2,3]&shape=0.001&rate=0.001" -w "%{time_total}\n" -o /dev/null 

매우 간단하고 빠른 함수 호출 임에도 불구하고이 호출에는 약 1.4 초가 소요됩니다.

curl localhost:7210/ocpu/library/stats/R/rnorm/json -d "n=100000" -w "%{time_total}\n" -o /dev/null 

왜 비교적 간단한 flexsurv 호출이 걸립니까 훨씬 더 시간 : 비교함으로써

호출 rnorm 적은 0.5 초 이상 10,000 임의 정상 샘플 반환을 그리는? 예하 중 작동하지 않습니까? 그렇다면 어떻게 해결할 수 있습니까? 그렇지 않은 경우 추가 대기 시간을 유발하는 요인은 무엇입니까?

답변

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문제가 opencpu의 클라우드 버전을 사용하여 해결되었다

어떤 도움이 많이 감사는 ... 사전로드에서 훨씬 더 큰 혜택을보고있다.

단계 :

  1. 는 opencpu 고정 표시기 용기를 w docker pull opencpu/base

  2. 실행 고정 표시기/터미널 세션을 설치 https://docs.docker.com/engine/installation/mac/

  3. 에서 Mac 용 고정 표시기를 설치 docker run -t -i -p 80:80 -p 8004:8004 opencpu/base sh -c 'service opencpu restart && /bin/bash'

  4. 고정 표시기 컨테이너에서 호출 R, 설치 필요한 경우 패키지
  5. apt-get을 사용하여 도커 컨테이너에 텍스트 편집기를 설치하십시오 (예. sudo apt-get nano)
  6. 텍스트 편집기를 사용하여 /etc/opencpu/server.conf를 편집하고 미리로드 할 패키지를 추가하십시오. 여기 지침을 따르
  7. 종료 단말기는 새로운 이미지
  8. 다시 고정 표시기에 커밋하고 실행 지금 docker run -t -p 80:80 -p 8004:8004 <your image name>
  9. Opencpu를 시작하고 훨씬 빠르게 돌아갑니다 사전로드 된 패키지를 호출합니다. https://groups.google.com/forum/#!topic/opencpu/D49Adx6GSiE

    : 대답

신용은 구글 그룹에 저를 지원하는 사람들 개발자 제론 움스을 opencpu에 속하는