nwalign()을 모든 유형의 시퀀스와 함께 사용하십시오.

Question

Matlab에 대한 대략적인 문자열 일치 기능이 필요합니다. 나는 Bioinformatics 도구 상자가 nwalign()을 호출하여 Needleman–Wunsch algorithm이라는 것을 알게되었습니다. 유일한 문제는 아미노산 서열에서만 작용한다는 것입니다. 그래서 문자열을 숫자와 다른 기호와 비교해 보면 다음과 같은 오류가 발생합니다. "두 시퀀스 모두 아미노산이어야합니다."

nwalign() 함수가 모든 유형 시퀀스를 허용하도록 허용하거나, 생물 정보학에 국한되지 않는 대략적인 문자열 일치를 수행 할 수있는 다른 matlab 함수가 있습니까?

Answer 1

python's nwalign()을 살펴보십시오.

http://pypi.python.org/pypi/nwalign

(소스를 보면 아직) 인수로 문자열을 것 같다, 그래서 당신이 NumPy와 시퀀스 또는 목록이있는 경우, 당신은 변환해야 할 수 있습니다.

Answer 2

이는 또한 아미노산 또는 뉴클레오티드 이외의 심볼 정렬을 수행하는 비 기록 기능을 사용하는 방법을 설명 thread

에서 논의되어왔다.