Python scipy.weave and STANN C++ Library

나는 파이썬에서 빠른 최소 스패닝 트리 프로그램을 만들기 위해 scipy.weave를 시험 중이다. 불행히도 scipy.weave를 C++ 라이브러리와 함께 사용하면 STANN이 더 어려워졌습니다. 다음은 STANN 라이브러리에 대한 링크입니다. http://sites.google.com/a/compgeom.com/stann/Python scipy.weave and STANN C++ Library

다음은 내가 작성한 scipy.weave 스크립트가있는 Python입니다.

import scipy.weave as weave 
from scipy.weave import inline 
import numpy 

def gmst(points): 
    # computing GMST with STANN headers 
    assert(type(points) == type(numpy.array([]))) 

    # now the c++ code 
    code = """ 
     using namespace std; 
     typedef reviver::dpoint<double,2> Point; 

     typedef vector<Point>::size_type stype; 
     vector< std::pair<stype,stype> > outputmst; 
     PyArrayObject *py_val 

     gmst(points,outputmst); 
     return_val = outputmst; 
     """ 

    return inline(code,['points'], 
     headers = ["<iostream>","<gmst.hpp>","<dpoint.hpp>","<test.hpp>"], 
     include_dirs=["/home/tree/usr/STANN/include"])

지금까지는 직조 작업을 할 필요가 없습니다. 내가 왜 문제에 부딪 치고 있는지 어떤 아이디어가 있니? 도와 주셔서 감사합니다.

환호

출처

2010-06-30 ebressert

당신의 질문은 아니지만 그래프가 얼마나 크고/얼마나 큽니까? (나는 단순한 순수 파이썬 MST, sort + Kruskal + unionfind를 사용하는데, 대부분 시간이 많이 걸린다.) – denis

나는 보통 300에서 30,000 개의 노드를 다루고있다. 때로는 더 커. 그러나 투영 분석 (3D 데이터)을 위해서는 MST를 계산해야합니다. networkx와 matplotlib.delaunay를 사용하여 파이썬에서 MST 프로그램을 작성하여 약 5 초 만에 50,000 개의 소스의 MST를 계산하는 방법을 찾았습니다. 지금은 충분히 빠릅니다. – ebressert

외부 코드를 짜다가 짜내는 것은 허약하고 외설적입니다. Cython을 보셔야합니다. 이런 종류의 물건에 아주 좋습니다.

출처

2010-07-07 04:27:23 dwf

Cython을 살펴 보겠습니다. 추천 해 주셔서 감사합니다. – ebressert

Python scipy.weave and STANN C++ Library

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