Allen Brain Institute - 뇌 관측기 예

나는 brain observatory ipython notebook의 예를 따르려고합니다.Allen Brain Institute - 뇌 관측기 예

그러나 아래처럼 nwb 파일을로드하는 데 막혔습니다.

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache 
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json') 

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850) # problem here

그래서, HDFview하여 nwb 파일을 열었습니다.

모든 뇌 관측기 nwb은 502376461.nwb을 제외하고는 열 수 없습니다.

알렌의 ipython 노트북 예제에서 502376461.nwb을 열려고 시도했을 때 작동했습니다! 그러나 다른 사람들 (501940850, 503820068 ...)은 위와 같이 실패했습니다. GitHub의에서 스레드를 요약

출처

2016-08-23 Hyunsu Lee

어떤 방법으로 실패 했습니까? –

오류 메시지, plz – Justas

IOError : 파일을 열 수 없습니다. (잘린 파일 : eof = 82280448, sblock-> base_addr = 0, stored_eoa = 204046519) –

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

파일이 부분적으로 다운로드하거나 어떻게 든 손상되었다. 다운로드 중에 예외는보고되지 않으므로 urllib는 문제를 발견하지 못했습니다.

AllenSDK 개발자는 일종의 파일 일관성 검사 및/또는 다른 HTTP 라이브러리를 조사하고 있습니다.

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

다른 사람이 생기면, 당신은 나쁜 파일을 삭제할 수 있으며, 다운로드 기능 (BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data)를 다시 실행합니다. 파일은 BrainObservatoryCache manifest file의 하위 디렉토리로 다운로드되며, 지정되지 않은 경우 현재 작업 디렉토리가 기본값입니다.

출처

2016-09-06 21:20:50 davidf

Allen Brain Institute - 뇌 관측기 예

답변

관련 문제