R : for 루프에서 데이터 프레임에 추가하기

Question

그래서이 루프가 있고 여러 csv 파일을 씁니다. 각각의 파일은 실행 결과에 추가됩니다. 아래에서 볼 수 있듯이,이 특정 루프는 gex에서 mxy에 대한 부분 집합의 각 행에 통계 함수 (zScore)를 실행 한 다음 각 행의 결과를 게시 한 다음 gex의 다음 하위 집합으로 이동합니다.

제 질문은 첨부 된 결과를 csv 파일로 작성하는 대신 동일한 모양의 루프 내에서 데이터 프레임을 만들 수있는 방법이 있습니까?

친절한 도움에 감사드립니다. 게시 된 코드에서

gex <- data.frame("sample" = c("BIX","HEF","TUR","ZOP","VAG"), 
        "TCGA-F4-6703-01" = runif(5, -1, 1), 
        "TCGA-DM-A28E-01" = runif(5, -1, 1), 
        "TCGA-AY-6197-01" = runif(5, -1, 1), 
        "TCGA-A6-5657-01" = runif(5, -1, 1)) 
colnames(gex) <- gsub("[.]", "_",colnames(gex)) 

listx <- c("TCGA_DM_A28E_01","TCGA_A6_5657_01") 

mxy <- data.frame("TCGA-AD-6963-01" = runif(5, -1, 1), 
        "TCGA-AA-3663-11" = runif(5, -1, 1), 
        "TCGA-AD-6901-01" = runif(5, -1, 1), 
        "TCGA-AZ-2511-01" = runif(5, -1, 1), 
        "TCGA-A6-A567-01" = runif(5, -1, 1)) 

colnames(mxy) <- gsub("[.]", "_",colnames(mxy)) 

zScore <- function(x,y)((as.numeric(x) - as.numeric(rowMeans(y,na.rm=T)))/as.numeric(sd(y,na.rm=T))) 

    for(i in seq(nrow(mxy))){ 
     for(colName in listx){ 
     zvalues <- zScore(gex[i,colName], 
          mxy[i,]) 
     geneexptest <- data.frame(gex$sample[i], zvalues, row.names = NULL, 
            stringsAsFactors = TRUE) 
     write.table(geneexptest, file = paste0(colName, "mxyinput", ".csv"), 
        row.names=FALSE, col.names=FALSE, quote=F, 
        sep = ",", dec = ".", append=(i > 1)) 
     } 
    } 

Answer 1

당신은 listx의 각 요소에 대해 하나 개의 CSV 파일을 가지고, 당신은 각 파일에 라인 하나씩의 번호를 쓰고있다. 대신 listx의 각 요소에 대한 데이터 프레임을 만들고 write.table을 한 번 호출하여 각각을 쓸 수 있습니다.

dfs <- lapply(listx, function(colName) { 
    do.call(rbind, lapply(seq(nrow(mxy)), function(i) { 
    zvalues <- zScore(gex[i,colName], mxy[i,]) 
    data.frame(gex$sample[i], zvalues, row.names = NULL, stringsAsFactors = TRUE) 
    })) 
}) 
dfs 
# [[1]] 
# gex.sample.i. zvalues 
# 1   BIX 1.1105593 
# 2   HEF 0.5451948 
# 3   TUR -1.4060388 
# 4   ZOP -1.4218218 
# 5   VAG 0.2780513 
# 
# [[2]] 
# gex.sample.i. zvalues 
# 1   BIX 2.0607386 
# 2   HEF 1.6703912 
# 3   TUR 1.3249181 
# 4   ZOP 0.8865058 
# 5   VAG 1.5289732 

이제 write.table을 사용하여 각 열에 대한 전체 데이터 프레임을 출력 할 수 있습니다. 각 루프 반복에서 rbind를 호출하는 것보다 훨씬 더 효율적입니다 rbind 단일 호출에서 함께 모든 데이터 프레임을 결합

; 자세한 내용은 동그라미 2 The R Inferno을 참조하십시오.