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Windows 8에서 Eclipse를 사용하여 코드를 실행하는 데 문제가 있습니다. 아래 코드는 Linux에서는 Eclipse에서는 원활하지만 Windows 8에서는 실행되지 않습니다.java.net.SocketException : 네트워크에 연결할 수 없습니다 (Windows 8 Eclipse)
package first
import org.biojava.bio.structure.Atom
import org.biojava.bio.structure.Structure
import org.biojava.bio.structure.StructureTools
import org.biojava.bio.structure.align.StructureAlignment
import org.biojava.bio.structure.align.StructureAlignmentFactory
import org.biojava.bio.structure.align.fatcat.FatCatRigid
import org.biojava.bio.structure.align.fatcat.calc.FatCatParameters
import org.biojava.bio.structure.align.gui.StructureAlignmentDisplay
import org.biojava.bio.structure.align.model.AFPChain
import org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache
import org.biojava.bio.structure.gui.BiojavaJmol
import org.biojava.bio.structure.align.gui.jmol.StructureAlignmentJmol
object Alignment {
def main(args: Array[String]){
val name1 = "1YYO.A"
val name2 = "1YYW.A"
val cache = new AtomCache()
val algorithm = StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(FatCatRigid.algorithmName)
val ca1: Array[Atom] = StructureTools.getAtomCAArray(cache.getStructure(name1))
val ca2: Array[Atom] = StructureTools.getAtomCAArray(cache.getStructure(name2))
val params: FatCatParameters = new FatCatParameters()
val afpchain: AFPChain = algorithm.align(ca1, ca2, params)
afpchain.setName1(name1)
afpchain.setName2(name2)
println(afpchain.toFatcat(ca1,ca2))
StructureAlignmentDisplay.display(afpchain, ca1, ca2)
}
}
기본적으로 getStructure 메서드는 PDB 파일을 다운로드하려고 시도하지만 실패하고 아래 오류가 표시됩니다.
Problem while downloading PDB ID 1yyo from FTP server.
Failed URL: ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/yy/pdb1yyo.ent.gz
java.net.SocketException: Network is unreachable: connect
at java.net.TwoStacksPlainSocketImpl.socketConnect(Native Method)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.doConnect(AbstractPlainSocketImpl.java:339)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connectToAddress(AbstractPlainSocketImpl.java:200)
at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(AbstractPlainSocketImpl.java:182)
at java.net.PlainSocketImpl.connect(PlainSocketImpl.java:172)
at java.net.Socket.connect(Socket.java:579)
at java.net.Socket.connect(Socket.java:528)
at sun.net.ftp.impl.FtpClient.openPassiveDataConnection(FtpClient.java:671)
at sun.net.ftp.impl.FtpClient.openDataConnection(FtpClient.java:710)
at sun.net.ftp.impl.FtpClient.getFileStream(FtpClient.java:1284)
at sun.net.www.protocol.ftp.FtpURLConnection.getInputStream(FtpURLConnection.java:428)
at java.net.URL.openStream(URL.java:1037)
at org.biojava.bio.structure.io.util.FileDownloadUtils.downloadGzipCompressedFile(FileDownloadUtils.java:96)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.downloadPDB(PDBFileReader.java:677)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.downloadAndGetInputStream(PDBFileReader.java:795)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.getInputStream(PDBFileReader.java:433)
at org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader.getStructureById(PDBFileReader.java:875)
at org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache.loadStructureFromPdbByPdbId(AtomCache.java:1173)
at org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache.getStructure(AtomCache.java:501)
at first.Alignment$.main(Alignment.scala:24)
at first.Alignment.main(Alignment.scala)
problem loading:1YYO.A
-Djava.net.preferIPv4Stack=true을 추가하지만, 난 여전히 문제를 해결할 수 없습니다. 어떤 제안이라도 대단히 감사하겠습니다. 미리 많은 감사드립니다!
할 수있는 컴퓨터의 먼저 확인 DNS ? 그런 다음 브라우저에서 URL을 수동으로 확인하여 액세스 할 수 있는지 여부를 결정하십시오. –
프로그램이 아닌 다른 것을 사용하여 URL ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/yy/pdb1yyo.ent.gz에 액세스 해 보았습니까? (예 : 브라우저) –
예, 브라우저에서 URL에 연결할 수 있습니다. – zamk