추가 정보 nipype을 사용하여 추가 이미지 오류에 FLIRT 등록을 적용하십시오.

Question

nipype 패키지를 사용하여 Python으로 일부 등록을 시도하고 있습니다. 기본 등록 작업 :

from nipype.interfaces import fsl 
from nipype.testing import example_data 
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo') 
flt.inputs.in_file = 'myInput.img' 
flt.inputs.reference = 'myReference.img' 
flt.inputs.out_file = 'moved_subject.nii' 
flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat' 
res = flt.run() 

이렇게하면 등록이 성공적으로 완료됩니다. 그러나 출력 된 flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat'를 사용하여 입력 MRI와 동일한 공간에서 비 뇌 영상에이 등록 변환을 적용하려고합니다.

나는 다음과 같은 시도 :

from nipype.interfaces import fsl 
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo') 
flt.inputs.in_file = 'myNonBrainImage.img' 
flt.inputs.reference = 'myReference.img' 
flt.inputs.out_file = 'regNonBrain.nii' 
flt.inputs.in_matrix_file = 'subject_to_template.mat' 
flt.inputs.apply_xfm = True 
res = flt.run() 

flt.inputs.in_matrix_file 및 flt.inputs.apply_xfm = TRUE 플래그가 표준 등록을 무시하고 단지 추가 이미지를 등록 행렬을 사용하는 것이라고 기대하지만 이 오류가 있습니다 :

INFO:interface:stderr 2011-08-10T14:59:17.307116:Unrecognised option D 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 775, in run 
    runtime = self._run_interface(runtime) 
    File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1050, in _run_interface 
    self.raise_exception(runtime) 
    File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1027, in raise_exception 
    raise RuntimeError(message) 
RuntimeError: Command: 
flirt -in RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A.img -ref clo010809T1Gd.img -out regDose.nii -omat /root/Desktop/Test Data/RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A_flirt.mat -applyxfm -bins 640 -searchcost mutualinfo -init subject_to_template.mat 
Standard output: 

Standard error: 
Unrecognised option D 
Return code: 255 
Interface FLIRT failed to run. 

왜이 문제를 해결할 수 있습니까? 디렉토리/파일 이름이 포함 된 이미지에 공백이 있습니다

Answer 1

:

/루트/데스크탑/테스트 데이터

이름 바꾸기 테스트 Test_Data로 데이터 및이