R 행은 그룹 (또는 고유 ID)별로 여러 열을 의미합니다.

Question

다음과 같은 데이터 프레임이 있습니다 (20,000 행 x 49 열). 각 행에는 고유 한 이름 (ID)이 있으며 각 ID에는 3 개의 열에 3 개의 반복 읽기가 있습니다 (예 : D15C D15C.1 D15C.2). colnames ("D15C")의 처음 네 글자는 그룹 이름입니다. 그룹 이름별로 열을 평균화해야합니다 (예 : 평균 D15C, D15C.1 및 D15.2에서 D15C 가져 오기). 따라서 최종 테이블은 49 열에서 16 열로 통합됩니다.

  ID D04C D04C.1 D08H D08H.1 D08H.2 D15C D15C.1 D15C.2 D15L D15L.1 D15L.2 
1 1367452_at 11.11 10.93 11.85 10.94 10.87 10.73 10.62 10.85 10.73 10.77 10.52 
2 1367453_at 9.65 9.94 9.78 9.68 9.67 9.86 9.71 9.82 9.74 9.71 9.76 
3 1367454_at 10.19 10.36 9.68 10.07 10.08 10.35 10.26 10.32 10.27 10.19 10.47 
(… 20000 rows)            

내가 전치 및 골재 사용하기 위해서는 다음과 같은 데이터 프레임에 편집 :

 ID 1367452_at 1367453_at 1367454_at ... ... 
1 D04C  11.11  9.65  10.19 
2 D04C  10.93  9.94  10.36 
3 D08H  11.85  9.78  9.68 
4 D08H  10.94  9.68  10.07 
5 D08H  10.87  9.67  10.08 
6 D15C  10.73  9.86  10.35 
7 D15C  10.62  9.71  10.26 
8 D15C  10.85  9.82  10.32 
9 D15L  10.73  9.74  10.27 
10 D15L  10.77  9.71  10.19 
11 D15L  10.52  9.76  10.47 

그러나, 다음과 같은 집계 ("AGG는"데이터 프레임 이름) 완료 370 초 걸렸습니다 . 문제는

agg <- aggregate(x = agg[, 2:ncol(agg)], by = list(ID = agg$ID), FUN = "mean", na.rm = T) 

그래서 나는 data.table로 변환 데이터 테이블 방법을 실행 ...... 내가 기다리고 테이블 이런 종류의 100 년대를 가지고있다. 무엇이 잘못되었는지 확실하지

Error: cannot allocate vector of size 144 Kb 
In addition: Warning messages: 
1: Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 
2: Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size) 

:

dt <- as.data.table(agg) 
setkey(dt, ID) 
dt2 <- dt[,lapply(list(dt[2:ncol(dt)]),mean),by = ID] 

하지만

몇 분 후 오류 메시지를 받았습니다. dt의 "head"부분을보기 위해 dt [1 : 5,1 : 5]를 사용할 수없고, head (dt)는 지붕을 통해 지나치는 많은 줄을 반환합니다. "head"도 볼 수 없습니다. 지금 무엇을 해야할지 모르겠다.

ID를 하나의 열 (data.frame)로 나열하거나 테이블을 조 변경하고 ID를 첫 번째 행에 나열 할 수 있습니다 (data.table처럼). 어느 쪽이든, 데이터를 집계하는 더 빠른 방법이 있습니까? 대단히 감사합니다!

Answer 1

이 :

dt2 <- dt[,lapply(list(dt[2:ncol(dt)]),mean),by = ID] 

그냥해야한다 :

dt2 <- dt[, lapply(.SD,mean), by=ID] 

dt[2:ncol(dt)]

은 행의 하위 집합을 복용 사실이었다.

data.table 구문을 익히는 한 가지 방법은 프롬프트에서 example(data.table)을 실행하고 프롬프트에서 예제를 수행하는 것입니다. "# 그룹별로 열 적용"을 검색하면이 예제를 정확하게 찾을 수 있습니다.

는 그리고 .SD을 배우고, 가장 좋은 방법은 문자열 ".SD"에 대한 ?data.table를 검색하는 것입니다 다음도 검색에 의해 반환되는이 data.table 태그 .SD에 대한 몇 가지 좋은 질문과 매우 상세한 답변 [ "data.table있다 ] .SD ".