Anaconda 환경에 BioNetGen 추가하기

PySB을 Anaconda3 및 Windows7과 함께 사용하려고합니다. 관련 환경 설정 (numpy, scipy, sympi, perl)을 작업 환경에 추가했습니다. 그러나 BioNetGen 프로그램에 어려움을 겪고 있습니다. 다운로드하고 BNG 경로를 추가했지만 내 환경에 추가 할 수 없습니다. 여기Anaconda 환경에 BioNetGen 추가하기

내가 시도 것입니다 :

>conda search bionetgen 

Using Anaconda Cloud api site http.... 
Fetching package metadata...

그런 다음 아무 반응이 없습니다. 그런 다음

>pip install bionetgen 
Collecting bionetgen

오류 메시지 :

Could not find a version that satisfies the requirement bionetgen (from versions:) 
No matching distribution found for bionetgen

마지막으로, 나는 시도 : 내가 수동으로 BioNetGen 프로그램을 열고 GUI를 얻을 수 그러나

>easy_install bionetgen 
Processing bionetgen... 
error: could not find a setup script in C:\....

그래서 난 제대로 설치되어 가정합니다. 나는 그것을 아나콘다에 추가하는 방법을 모른다. BioNetGen이 perl에서 실행되는 문제입니까?

시각화에는 pysb 모델을 사용할 수 있지만 수동으로 종속성을 설치하는 것이 좋습니다.

도움 주셔서 감사합니다.

출처

2016-08-06 josijosi

저는 이것이 파이썬 커뮤니티에 대한 질문이라고 생각하지 않습니다. 아마도 BioNetGen의 문서를 읽고 파이썬과의 연결이 어떻게 작동하는지 알아 내야 할 것입니다. 또한 BioNetGen이 Python 패키지라는 것을 알지 못합니다. – Kartik

다음과 같습니다 : http://bionetgen.org/index.php/Using_the_BNGConsole#An_example_using_Python이 문서에 따르면,'pip'를 설치할 수있는'pexpect' 패키지가 필요합니다. https : //pexpect .readthedocs.io/ko/stable/install.html – Kartik

예, BioNetGen 자체는 Perl로 작성되었으므로 pip 또는 다른 Python 패키지 관리자를 통해 설치할 수 없습니다.

가 이름 바꾸기 압축 해제 BioNetGen-XYZ 폴더를 단지 BioNetGen하고는/usr /로를 을 이동 : PySB 그것을 찾을 수있는 당신은 당신의 플랫폼에 BioNetGen command-line interface를 다운로드하고 설치하는 PySB installation documentation의 지침을 따라야합니다 로컬/공유 (Mac 또는 Linux) 또는 C : \ Program Files (Windows). 다른 곳에 넣으려면 BNGPATH 환경 변수를 BioNetGen-x.y.z 폴더의 전체 경로로 설정하십시오.

BioNetGen "GUI"에 대해 언급 했으므로 명령 줄 도구가 아닌 RuleBender GUI 인터페이스를 다운로드 한 것으로 간주됩니다. PySB 문서에는 명시 적으로 명령 줄 도구가 필요하다는 내용이 명시되어 있지 않습니다. 우리는이 감독을 확실히 수정할 것입니다.

출처

2016-08-06 17:52:04

Anaconda 환경에 BioNetGen 추가하기

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