2014-03-19 3 views
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잘못된 명령 (코어 덤프 됨) 오류가 있습니다. 어떻게해야합니까?GROMACS : 잘못된 명령어 (코어 덤프)

연구용 패키지 인 GROMACS를 사용할 때이 오류가 발생합니다. 나는 이것이 GROMACS의 오류라고 생각하지 않지만 GROMACS는 C++에서 작성 되었기 때문에 C의 오류라고 생각한다. 그래서 내가이 질문을 여기에 넣었습니다. 나는 C에 대해 아무것도 모릅니다. 해결하는 것이 불가능합니까?

답변

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이것은 my conversation to GROMACS team입니다. 한마디로 : 그것은 GROMACS는 다음 source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC가 (이 줄을 추가해야 할 수 있습니다 사용 설치되지 않았 음을 말한다면

  • fftw3 by ./configure --enable-float, make, make install
  • cmake .. -DCMAKE_PREFIX_PATH=/usr/local, makemake install
  • 에 의해 GROMACS를 설치합니다 ~/.bashrc 파일에 저장하면 새 셸을 열 때마다 자동으로 활성화됩니다.)

오래된 컴퓨터를 사용한다면 이전 버전을 사용해야합니다. 희망이 도움 :

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GROMACS 자신을 컴파일 했습니까? 그리고 가장 중요한 것은 컴파일 된 동일한 시스템에서 소프트웨어를 실행하고 있습니까?

컴퓨터 (클러스터의 로그인 노드)에서 GROMACS을 컴파일하고 열등한 명령어 집합을 사용하여 다른 컴퓨터 (클러스터의 컴퓨팅 노드)에서 실행 파일을 사용하려고하면 같은 문제가 발생합니다.

그렇다면 this page of the GROMACS manual (this depends on the version you are trying to compile)을보고 다른 컴퓨터의 가장 일반적인 공통 명령어 세트를 확인하고 -DGMX_SIMD에 적합한 값으로 그램을 다시 컴파일하십시오. 당신이 그것을 실행됩니다 기계

cmake .. -DGMX_SIMD=SSE4.1

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컴파일 GROMACS : 내 경우에는, 그것은처럼 보였다. 당신이 그것을 실행할 기계에서 그렇게함으로써 가장 쉽게 할 수 있습니다.