2014-12-20 3 views
-1

구조는 다음과 같다 :fasta 파일에서 첫 줄을 제거하려면 어떻게합니까? FASTA 파일

>gi|568815364|ref|NT_077402.3| Homo sapiens chromosome 1 genomic scaffold, GRCh38 Primary Assembly HSCHR1_CTG1 
TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC 
CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAA 
CCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT 
AACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA 
ACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACC 

첫 번째 행은 파일의 컨텐츠에 대한 정보를 라인이고 DNA, RNA 또는 아미노산 가닥이다 나머지. 이런 종류의 파일 작업을하려면 파일의 첫 번째 줄을 제거해야합니다. 어떻게 파이썬을 사용하여 이것을 할 수 있습니까? 나는이 코드를 시도하지만 적합하지 : 당신이 전체 파일의 내용이 필요하면

My_string=open("SimpleFastaFile.fa", "r").read() 
def line_remove(str): 
    if str.isalnum()==False: 
     str=str[1:] 
     line_remove(str) 

line_remove(My_string) 
+0

당신은 바이오 파이썬을 사용합니다. 그렇지 않으면 그것은 숙제입니다. – simonzack

+0

어떻게 사용할 수 있습니까? –

답변

-2

, 왜 한 번에 모든 라인을 읽을 바로 첫 번째 라인을 멀리 슬라이스?

with open('path','r') as f: 
    content = f.readlines()[1:] 
output="".join(content) 
+0

파일을 줄 목록으로 변환합니다. 마지막으로 문자열로 사용합니다. –

+0

내 편집보기 @StackUnderFlow – Malhelo

+0

작동합니다. 감사합니다. –

0

당신은 꽵 고급 포인터에 next를 사용할 수 있습니다

my_string = open("SimpleFsastaFile.fa", "r") 
next(my_string)     # advanced file pointer to next line 
my_string.read() 
+0

왜 downvote ??? 이유를 알려주십시오. – Hackaholic

+0

나는 당신에게 downvote를하지 않았지만 다음 번에 변수 이름을 확인하고 싶을 것입니다. – Malhelo

관련 문제