SeqIO 사전을 Fasta 파일로 작성

Question

원래 내 Fasta 시퀀스를 Bio.SeqIO.to_dict 문으로 사전으로 변환했습니다. 나는 부분화된 사전을 fasta 파일에 다시 쓰고 싶다.

테스트는 fasta 헤더를 키로 사용하고 시퀀스를 인덱스로 사용하는 파이썬 사전입니다. SeqIO.write을 활용하는 시도

내 코드 :

with open("example.fasta", "w") as handle: 
SeqIO.write(test, handle, "fasta") 

AttributeError: 'str' object has no attribute 'id' 

내가 사전에 SeqIO 발생기 개체를 변환하여 두려워, 나는 쉽게 다른 SeqIO 기능에 의해 예상되는 입력에 돌려 드릴 수 없습니다.

Answer 1

이 문제가 해결되었습니다. SeqIO.to_dict 변환을 사용하더라도 사전의 값은 원래의 생성자 클래스입니다. 이 사전을 Fasta에 다시 쓰려면 단순히 사전의 값을 호출하십시오.

with open("example.fasta", "w") as handle: 
SeqIO.write(test.values(), handle, "fasta")