vegan :: ordispider가있는 레이블의 위치

Question

저는 채식주의자를 DCA 안수식에 사용하고 있습니다. 그룹화 된 사이트를 보여주고 싶지만, ordispider를 사용하면 그룹의 레이블이 서로 숨어 있습니다. 위치를 조정하려면 어떻게해야합니까? 어쨌든 orditkplot을 사용할 수 있습니까?

Answer 1

는 아니, ordispider()와 orditkplot()로, 단순히 같은 임의의 플로팅 기능을 처리하는 방법을 알고하지 않습니다 수 없습니다.

ordispider()을 사용하여 그룹화 된 사이트를 DCA ordination에 표시하려는 이유를 나타내지 않으십니까? 그룹 멤버십을 나타 내기 위해 일부 센트 로이드 또는 이와 유사한 멤버에 가입 할 필요가 없습니다. 대신 그림을 그려 기호를 사용하여 그룹을 구분할 수 있습니다 (예 : 또한

require("vegan") 
data(dune) 
data(dune.env) 

mod <- decorana(dune) 

plot(mod, display = "sites", type = "n") 

## colour & shape according to Management 
col <- c("red","orange","forestgreen","navy") 
pch <- 1:4 
## add the points 
with(dune.env, 
    points(mod, display = "sites", col = col[Management], 
      pch = pch[Management])) 
## add a legend 
legend("topright", 
     legend = with(dune.env, levels(Management)), 
     col = col, pch = pch, title = "Management", 
     bty = "n") 

, 난 당신이 레이블이없는 음모 예를 들어, 아마 레이블을 배치 할 플롯의 투명 영역을 식별 할 수 locator()을 사용하여 나중에 추가 할 수 있습니다 가정 :

plot(mod, display = "sites", type = "p") 
with(dune.env, ordispider(mod, groups = Management, col = "red")) 
## select 4 locations 
coords <- locator(with(dune.env, length(levels(Management)))) 

## now you have to click on the plot where you want the labels 
## automagically finishes after you click the 4th label in this case 

## draw labels 
text(coords, labels = with(dune.env, levels(Management))) 

Answer 2

vegan vignette에서 다음을 시도해 보셨습니까?

2.1. Cluttered plots 
Ordination plots are often congested: there is a large number of sites and species, and it may be impossible to display all clearly. In particular, two or more species may have identical scores and are plotted over each other. Vegan does not have (yet?) automatic tools for clean plotting in these cases, but here some methods you can try: 
- Zoom into graph setting axis limits xlim and ylim. You must typically set both, because 
vegan will maintain equal aspect ratio of axes. 
- Use points and add labell only some points with identify command. 
- Use select argument in ordination text and points functions to only show the specied 
items. 
- Use ordilabel function that uses opaque background to the text: some text labels will 
be covered, but the uppermost are readable. 
- Use automatic orditorp function that uses text only if this can be done without overwriting 
previous labels, but points in other cases.