bash
의 파일명이인 경우 입력을 요구하는 메시지가 표시되면 select
에서 사용할 파일을 묻는 메시지가 나타납니다. 그러나 디렉토리에 3 개가 있지만 표시된 파일은 1 개뿐이므로 파일 중 하나를 선택할 수 있습니다. 그러나 입력 전에 select
파일을 넣으면 bash
이 작동하는 것 같습니다. 나는 그것을 고쳐 줄 수 없다. 무엇이 잘못 되었는가? 감사.bash 입력을 입력하고 파일을 선택하려면
단말
1) 12_newheader_base_counts.txt
34_newheader_base_counts.txt
56_newheader_base_counts.txt
에 표시 배시
# enter gene input
printf "%s \n" "Please enter gene(s), use a comma between multiple:"
OLDIFS=$IFS
IFS=","
read -a genes
for ((i = 0; i < ${#genes[@]}; i++))
do
printf "%s\n" "${genes[$i]}" >> /home/cmccabe/Desktop/NGS/panels/GENE.bed
done
# select file
printf "please select a file to analyze with entered gene or genes \n"
select file in $(cd /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/test/bedtools;ls);do break;done
echo $file "will be used to filter reads, identify target bases and genes less than 20 and 30 reads, create a low coverage bed for vizulization, and calculate 20x and 30x coverage for the entered gene(s)"
logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/test/process.log
for file in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/test/bedtools/$file; do
echo "Start selcted file creation: Panel: ${FUNCNAME[0]} Date: $(date) - File: $file"
bname=$(basename $file)
pref=${bname%%.txt}
echo "End selected file creation: $(date) - File: $file"
done >> "$logfile"
원하는 단말기 디스플레이
1) 12_newheader_base_counts.txt
2) 34_newheader_base_counts.txt
3) 56_newheader_base_counts.txt
또한 http://www.shellcheck.net/에서 스크립트를 복사하고 스크립트의 모든 pit-fall을 수정하는 것이 좋습니다. 사소한 문제에 대한 귀중한 시간을 절약 할 수 있습니다. – Inian