연속 줄 바꿈 가져 오기 R

Question

첨부 된 이미지와 같은 것을 플롯하고자합니다. 이 논문의 내용은 http://www.nature.com/nature/journal/v488/n7410/extref/nature11319-s1.pdf입니다 (그림 11D). 나는 그것이 R에서 행해졌다는 것을 알고있다. 그러나 나는 패키지/기능을 모른다.

이

내 데이터의 하위 집합입니다 :

SampleID prevo.bact 
37.TO.O -3.00468736 
31.TO.V -3.42291741 
06.BO.VG -2.56462361 
37.PR.O 0.91296148 
03.BA.O 0.02868464 
30.BO.V -0.24479930 

내가 초승달 방법으로 값을 주문하고 나는 음모를 사용하여 플롯하려고

이 내가 '출력에 매우 가까이

mydata.ordered=order(my.data$prevo.bact) 
plot(my.data$prevo.bact[my.data.ordered]) 

d를 얻고 싶지만 수직선을 얻는 점을 변경하는 방법을 알지 못합니다 (플롯에서 사용할 수있는 유형은 없습니다). 클래스 벡터에 따라 색상을 변경하는 방법 clD

clD = unlist(lapply(strsplit(row.names(my.data),'[.]'),function(x){x[[3]]})) 
names(clD)=row.names(my.data) 

또한, 점 사이에 빈 공간이 필요하지 않습니다 (첨부 된 그림과 같이 연속체가 좋음). 어떻게하면 비슷한 것을 얻을 수 있습니까? 아마도 기본 줄거리

감사합니다 ... 방법이 아니다 프란체스카는

Answer 1

나는 그것을 시도 제공합니다. 줄거리가 연속적으로 보이는 이유는 연속성의 환상을 만들기에 충분한 점수가 있다는 것입니다. 충분한 점수를 얻으려면 필자가 제공 한 6 점으로 충분하지 않기 때문에 직접 샘플 데이터를 만들어야했습니다.

library(ggplot2) 
my.data <- data.frame(SampleID=rep(c("37.TO.O","31.TO.V","06.BO.VG","37.PR.O","03.BA.O","30.BO.V"),times=30), 
        prevo.bact=rnorm(180,0,3), 
        stringsAsFactors=FALSE) 
my.data$clD <- sapply(strsplit(my.data$SampleID,'[.]'),function(x){x[[3]]}) 
my.data.ordered <- my.data[order(my.data$prevo.bact),] 
my.data.ordered$num <- 1:nrow(my.data) 
ggplot(my.data.ordered,aes(num,prevo.bact)) + geom_point(size=5,shape="|",aes(col=clD)) + theme_classic() 

나는 기본 그래픽을 사용하여 데이터 포인트를 색칠하는 방법을 모르기 때문에 ggplot을 사용했습니다. shape="|" 옵션은 점 대신 세로선을 사용합니다. 플롯에 대한 설명서의 매개 변수 "유형"에 대한