무작위 효과가 다른 무작위 효과 아래에 중첩되어있는 경우 R 코드

Question

연구에 혼합 선형 모델을하려고합니다. 코드가 맞는지 아닌지 알고 싶습니다. MY 디자인 - 각 사이트 내에 5 개의 사이트, 2 개의 하위 사이트 및 각 사이트 내에 2 개의 영구 쿼드 레이드가 있습니다. 그래서 5 개의 사이트, 10 개의 하위 사이트 및 20 개의 사각형이 있습니다. 나는 모든 quadrats에서 (산호의) 식민지 크기를 측정했다. 제 질문은 크기 구조가 사이트마다 다른가요? 내 데이터에 quadrats는 하위 사이트 내에 중첩되어 있으며 하위 사이트는 사이트 내에 중첩되어 있습니다. 사이트를 내 고정 요소 및 하위 사이트로 사용하고 임의 효과로 quadrats를 사용합니다. 나는이 일을 두 가지 방법의 을 생각할 수 :

library(lme4) 

옵션 1 lmer(size ~ site + (1|subsite) + (1|quadrat)

옵션 이들 중 하나가 사용하는 것이 올바른 것 2 lmer(size ~ site + (1|site:subsite) + (1|subsite:quadrant)

?

고마워요.

Answer 1

하위 사이트와 사각형이 어떻게 코딩되었는지에 따라 조금씩 다릅니다. 두 가지 계획을 고려해 보겠습니다.

명시 적 중첩 : 즉, 사이트 내의 보조 사이트와 하위 사이트 내의 보조 사이트에는 고유 한 이름이 없습니다. R하자이 경우

site subsite quadrat 
A a  1 
A a  2 
A b  1 
A b  2 
B a  1 
B a  2 
... etc. 

, 당신은 해야 사용 상호 작용/중첩 구문은 사이트 A의 그 직사각형의 좁은 일을 알고, 하위 사이트 A는 "1"로 표시된 다른 quadrats 모두와 아무런 공통점이 없다 ...

size ~ site + (1|site:subsite) + (1|site:subsite:quadrat) 

암시 중첩 (size ~ site + (1|site:(subsite/quadrat))힘 작업,하지만 난 그것을 테스트하지 않은)에 이 경우 모든 것이 고유하게 명명됩니다.

site subsite quadrat 
A Aa  Aa1 
A Aa  Aa2 
A Ab  Ab1 
A Ab  Ab2 
B Ba  Ba1 
B Ba  Ba2 
... etc. 

이 경우 중 하나 구문 위 (R 자동으로 중복 수준을 삭제) 또는

size ~ site + (1|subsite) + (1|quadrat) 

을 사용할 수 있으며 동일한 결과를 얻을 수 있습니다. (당신은 언제나 이것을 실험적으로 테스트 할 수 있습니다!)

다른 점 몇 : 일반적으로

• 나는 독특한 라벨/암시 적 중첩 (명시 적 중첩 필드 노트에 대한 데이터를 수집 인간을위한 더 편리 할 수 ​​있지만, 당신은 초기에 암시 적 중첩로 변환한다 추천 그것은 약간 오류의 가능성을 줄일 수 있기 때문에) 세정 공정 데이터
• 설계가 균형 경우 내 현장 변화를 정량화 신경, 그리고하지 않을 경우 항상, lme4
• 와 data 인수를 사용하는 것이 좋습니다 및 귀하의 데이터가 정상 (즉, y를 이 아닌 glmer)를 사용하면 크게은 사이트 당 평균값을 집계하고 일원 분산 분석을 실행함으로써 간단하게 생활 할 수 있습니다. (Murtaugh 2007, 생태학, "생태 데이터 분석의 단순성과 복잡성 ").