2017-03-23 2 views
0

나는 bash 스크립트를 사용하여 분석을 위해 수백 개의 파일을 반복해야한다. 내가해야 할 한 가지 단계는 긴 문자열과 cat을 출력 이름으로 분리하는 것입니다. 유일한 변화는 원본에서 .bam를 제거하는bash string split and concatenate

5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final_R1.fastq 
5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final_R2.fastq 

과 : 내가 원하는 것은 두 개의 출력 파일과 같은 이름으로 이름을 변경하는 것입니다

5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final.bam 

: 하나의 문자열 등과 같은 예를 들어, 내가 가진 가정 cat_R1.fastq_R2_fastq. 누군가 bash 명령을 사용하여 그것을 실현하는 방법을 알고 있습니까?

답변

1
somefile=blahblahblah.final.bam 
foo "$somefile" "${somefile%.*}_R1.fastq" "${somefile%.*}_R2.fastq"