누구든지 cds, tss 및 발기인을 포함하는 마우스 gtf를 알고 있습니까?

Question

나는 발기인, cds 및 tss에 자료를 포함하는 커프스 단추로 달리기 위하여 쥐 gtf를 찾고있다. 지금까지 유전자와 이성체에 관한 데이터 만 가지고 gtf를 찾을 수있었습니다.

감사합니다.

Answer 1

프로모터의 표준 영역이 없습니다. tss의 경우 유전자의 시작 위치를 취할 수 있으며 발기인의 경우 tss 주위에 + -1000nt를 취할 수 있습니다. 그러나 그것은 당신에게 달려 있습니다. tss 주변에는 2000nt를 사용하는 표준이 있습니다.

비록 그 파일과 함께 커프스 링크를 실행하고 싶지만 tss에서 그 지점을 보지 못했습니다. 어쩌면 발기인 일 수도 있습니다. 또는 de tss 주변의 작은 영역을 수행하지만 프로모터 영역 내부에있을 수 있습니다.

awk로 쉽게 할 수 있다고 생각합니다.

희망을 부탁드립니다. 아마도 무엇을하고 싶은지 설명하면 다른 사람들이 분석을위한 다른 옵션을 알고 있습니다.

Answer 2

예, Ensemble 웹 사이트에는 gtf가 있습니다. igenome : 으로 이동하여 원하는 버전을 선택할 수도 있습니다. 이것이 작동하지 않으면 알려주십시오. 난 항상 내 mmf에 사용하는 내 gtf 파일을 보낼 수 있습니다