파이썬에서 두 DNA 시퀀스의 점도를 만드는 방법

Question

나는 k와 ID 유사성 스코어로 두 dna 시퀀스의 도트 플롯 행렬을 만들고 관심도는 임계 값으로하고 싶습니다. 저는 파이썬을 배우고 있습니다. 비록 데이터에 능숙하지만 테이블과 도트 포인트로 고생하고 있습니다. 간단한 아이덴티티 행렬을 생성하기 위해 위 코드를 만들었습니다. 이제 그것을 변경하거나 새로운 것을 만들어야합니다.

필요한 정의는 this paper을 참조하십시오.

Answer 1

행렬을 생성하는 논리를 문자 그리기의 비교적 쉬운 논리에서 분리해야합니다.

첫번째는 델타 함수를 정의

지금 M[i,j]

def delta(x,y): 
    return 0 if x == y else 1 

:

def M(seq1,seq2,i,j,k): 
    return sum(delta(x,y) for x,y in zip(seq1[i:i+k],seq2[j:j+k])) 

이 매트릭스합니다

def makeMatrix(seq1,seq2,k): 
    n = len(seq1) 
    m = len(seq2) 
    return [[M(seq1,seq2,i,j,k) for j in xrange(m-k+1)] for i in xrange(n-k+1)] 

플롯 행렬을. 당신은 다른 문자를 실험 할 수 있습니다

def plotMatrix(M,t, seq1, seq2, nonblank = unichr(0x25A0), blank = ' '): 
    print(' |' + seq2) 
    print('-'*(2 + len(seq2))) 
    for label,row in zip(seq1,M): 
     line = ''.join(nonblank if s < t else blank for s in row) 
     print(label + '|' + line) 

래퍼 기능 : 다음

def dotplot(seq1,seq2,k = 1,t = 1): 
    M = makeMatrix(seq1,seq2,k) 
    plotMatrix(M, t, seq1,seq2) #experiment with character choice 

그리고 :

#for testing purposes (drawn from paper): 

seqx = "ACCTGAGCTCACCTGAGTTA" 
seqy = "ACCTGAGCTCACCTGAGTTA" 
dotplot(seqx,seqy) 

출력 :에서 그림을 일치

|ACCTGAGCTCACCTGAGTTA 
---------------------- 
A|■ ■ ■ ■ ■ 
C| ■■ ■ ■ ■■  
C| ■■ ■ ■ ■■  
T| ■ ■ ■ ■■ 
G| ■ ■  ■ ■ 
A|■ ■ ■ ■ ■ 
G| ■ ■  ■ ■ 
C| ■■ ■ ■ ■■  
T| ■ ■ ■ ■■ 
C| ■■ ■ ■ ■■  
A|■ ■ ■ ■ ■ 
C| ■■ ■ ■ ■■  
C| ■■ ■ ■ ■■  
T| ■ ■ ■ ■■ 
G| ■ ■  ■ ■ 
A|■ ■ ■ ■ ■ 
G| ■ ■  ■ ■ 
T| ■ ■ ■ ■■ 
T| ■ ■ ■ ■■ 
A|■ ■ ■ ■ ■ 

종이 (비록 그것은 ro w 및 열 레이블 - 당신이 추가 기능을 할 수 원하는 경우) : 나는 간단한 도트 플롯 행렬을 작성하기 전에 사용되는 코드를 추가 한