문자열의 각 항목에서 찾기, 바꾸기 및 증가시키기

Question

나는 고통스럽고 간단한 문제에 대해 미리 스크립팅을하고 새해에 사과드립니다. 나는 꽤 철저히 검색 한 것으로 믿지만 분명히 다른 대답이나 요리 책이 나에게 충분히 이해되어서는 안된다. (예 : here - 아직도 그것을 얻을 수 없었다.)

나는 한 줄에 한 줄씩 문자의 문자열 (DNA라면 상관 없다)로 구성된 파일을 가지고있다. 각 문자열 위에 기본 문자열을 식별하는 다른 행을 삽입했습니다. 생물 정보 과학자 여러분을 위해 저는 fasta 형식의 테스트 데이터 세트를 만들려고합니다. 어쩌면 도구가 있을까요? 어쨌든, 나는 각각의 ">"뒤에 별개의 단어 인 "num"을 넣을 것입니다. bash incrementer와 sed를 사용하여 각 문자열의 고유 번호를 생성하려고합니다. 예를 들어, data.txt로, 나는 ...

> NUM, 어쩌구 저쩌구

ATCGACTGAATCGA

> NUM, 어쩌구 저쩌구

ATCGATCGATCGATCG

이

> NUM, ㅋ 저쩌구

ATCGATCGATCGATCG

,

나는 그것이 싶습니다 ...

> 0, 어쩌구 저쩌구

ATCGACTGAATCGA

> 1, ㅋ, ㅋ, ㅋ ㅋ

ATCGATCGATCGATCG

> 2, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

이 솔루션은 한가 & &이 일을 얻을 전체의로 어떤 언어로 할 수있다. 나는 sed, awk, bash 및 C++ (경험이없는 것보다 약간 작은 것)에 약간의 경험이 있습니다. 나도 알아, 나도 알아, 나는 펄을 배울 필요가 있지만, 방금 시작했다. 문제는 다음과 같습니다. "num"을 각 교체에서 증가하는 숫자로 바꾸는 방법은 무엇입니까? 기본 문자열이 다른 곳의 다른 문자열과 동일한 지 여부는 중요하지 않습니다. 미리 도움을 주셔서 감사합니다! 그것은 그렇게 할 경우

Answer 1

perl -ple 's/num/$n++/e' filename 

드라 1 일, 당신이

Answer 2

원하는 이는하거나 시스템에서 사용하지 못할 수 있습니다 공정 대체를 사용합니다.

jcomeau@intrepid:/tmp$ exec 3< <(cat test.txt) 
jcomeau@intrepid:/tmp$ i=0 
jcomeau@intrepid:/tmp$ while read -u 3 first_word the_rest; do 
if [ "$first_word" == ">num," ]; then 
echo ">$i," $the_rest; i=$((i + 1)); else 
echo $first_word $the_rest; fi; done 
>0, blah, blah, blah 

ATCGACTGAATCGA 

>1, blah, blah, blah 

ATCGATCGATCGATCG 

>2, blah, blah, blah 

ATCGATCGATCGATCG