2 글자 수를 계산하고 단어의 전체 길이로 나누는 함수 정의

Question

"DNA 가닥"에있는 G와 C의 수를 계산하고 G의 백분율을 계산하는 코드를 만들려고합니다. + C가 그 가닥에있다.

gcContent('CGGTCCAATAGATTCGAA') 
44.4444444444 

해당 문자열에는 18 자, 8 개의 G 's + C는 함께 있습니다.

def gcContent(dnaMolecule): 
    count = 0 
    for g in dnaMolecule: 
     dnaMolecule.count('g') 
     count += 1 
    return count 

을 내가 대화 형 파이썬에 입력하면 결과를 쉘 : 나는 심지어 내 코드의 가닥에 G의의 문자를 세는 지금까지 고군분투

, 이것은 내가 지금까지 무엇을 가지고 이는 다음과 같습니다

In [1]: gcContent('a') 
Out[1]: 1.0 

그것은 지금까지 G의 양을 계산 아니에요과 상관없이 내가 gcContent 후 괄호 안의 한 문자를 입력하면 어떤 일을 말한다.

Answer 1

모든 문자열에있는 count 메서드를 사용할 수 있습니다.

파이썬 2.x를 들어

def gcContent(dnaMolecule): 
    dnaMolecule = dnaMolecule.lower() 
    count = dnaMolecule.count('g') + dnaMolecule.count('c') 
    return count/len(dnaMolecule) 

과 0 사이의 값 점점 - 0 (100) 대신 - 1 : Biopython을 활용할 수 있다면

def gcContent(dnaMolecule): 
    dnaMolecule = dnaMolecule.lower() 
    count = dnaMolecule.count('g') + dnaMolecule.count('c') 
    return 100.0 * count/len(dnaMolecule) 

Answer 2

을 이미 계산하는 미리 정의 된 기능 GC있다 주어진 시퀀스의 GC 함량 :

from Bio.SeqUtils import GC 

print(GC('CGGTCCAATAGATTCGAA')) 

원하는 출력 준다 :

,174을

44.44444444444444 

시퀀스에 대해 수행 할 추가 작업에 따라 고유 한 함수를 작성하는 대신 미리 정의 된 함수를 사용하는 것이 좋습니다.

는

편집 :

100.0