분할은 R

Question

의 페어 행렬 I는 다음과 같은 방법으로 매트릭스 가지고

  gene ids A-B A-C A-D B-C B-D C-D 

      GENE1  0  0 1 1 1 0 
      GENE2  1  0 1 1 1 1 
      GENE3  1  0 0 0 1 1 
      GENE4  0  1 0 0 0 0 

를 다음과 같이 분할하고자 : 상기 매트릭스는 페어 와이즈 비교 때문에 대각 값들은 비어있을 것이다. 모든 유전자에 대해 동일한 방법으로

  Gene1 
       A B C D 
      A  0 0 1 
      B 0  1 1 
      C 0 1  0 
      D 1 1 0 

.

나는 10000 개 이상의 유전자를 가지고 있으며 수동으로 할 수 없습니다. 몇 가지 시도했지만 didn 작동합니다.

Answer 1

위의 MrGumble의 답변을 바탕으로 작성되었습니다. 그의 해법의 문제점은 R이 항 상 column-major로 정렬 된 엔트리를 가지므로, 우리는 데이터 삼각형을 채우지 만 상단 삼각형은 채울 수 없다는 것이다. 하나의 쉬운 방법은 아래 부분을 사용하거나 행렬의 위쪽 부분을 아래쪽 부분의 조 변경 부분으로 채우는 것입니다.

m <- structure(c(0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0), .Dim = c(4L, 6L), .Dimnames = list(c("GENE1", "GENE2", "GENE3", "GENE4"), c("A-B", "A-C", "A-D", "B-C", "B-D", "C-D"))) 

gene <- matrix(0, ncol=4, nrow=4) # empty, template matrix 
gene[lower.tri(gene)] <- m[4,] 
gene <- gene + t(gene) 
diag(gene) <- NA 

Answer 2

m <- structure(c(0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0), .Dim = c(4L, 6L), .Dimnames = list(c("GENE1", "GENE2", "GENE3", "GENE4"), c("A-B", "A-C", "A-D", "B-C", "B-D", "C-D"))) 

gene <- matrix(NA, ncol=4, nrow=4) # empty, template matrix 
gene[upper.tri(gene)] <- m[1,] 
gene[lower.tri(gene)] <- rev(m[1,]) 

## gene now contains the interaction matrix for GENE1.