coefplot2() with R

Question

R에서 여러 MCMCglmm 모델을 실행했으며 회귀 추정치를 신뢰 구간과 함께 표시하려고합니다. 저는 임의 효과가 개인 배우, 개별 수령인 및 다이야스트이기 때문에 고정 효과를 플로팅하는 데만 관심이 있습니다. 통계적으로 중요하지 않습니다.

Hadfield의 튜토리얼 및 비 네트와 Bolker 외 2 명 (Owls 예제)의 논문을 바탕으로 dotchart()도 옵션 인 것 같지만 coefplot2()을 사용하여 해결했습니다. 아래 코드 예제에서 아래와 같이 coeftab()과 함께 사용하고 있습니다. 내 문제는 그게 내가 var.idx을 사용하여 코드의 일부를 건너 뛸 수 있어야 특정 효과가 음모를 내고 싶어한다는 것입니다; 하지만이 오류는 "var.idx: is not a graphical parameter입니다. 이것이 내 코드에 관한 것인지 아니면 내가 사용하고있는 패키지에 관한 것인지 알고 싶습니다.

내 MCMCglmm 모델의 이름은 m1.teaching입니다. 다음은 이 인 코드입니다. I는 제 새로운 오브젝트로 회귀 추정/계수를 표로 : 만 혼합 효과 함유

m1.coefs <- coeftab(m1.teaching) 

난 후 다른 새로운 객체를 생성 (현재, R) 추정치 및 신뢰 구간 :

m1.coefs.present.r <- c(m1.coefs[3:4,]) 

마지막으로,이 추정과 신뢰 구간 플롯 : 나는 위의 심판에 따라 무엇을 말할 수에서

coefplot2(m1.coefs.present.r$Estimate, sds=m1.coefs.present.r$'2.5%', varnames=c('present','r'), CI=1) 

및 문서를,이 위스콘신 할 수 있어야 고정 된 효과만으로 새로운 객체를 만드는 중간 단계입니다. 궁극적으로는 여러 모델의 효과를 단일 플롯에 표시하고 길고 지저분한 코드로 인해 실수가 발생할 수 있기 때문에이 작업을 수행하려고합니다.

내가 일을해야한다고 생각 코드,하지만하지 않습니다 :

coefplot2(m1.coefs$Estimate, sds=m1.coefs$'2.5%', var.idx = m1.coefs[3:4,], varnames=c('present','r'), CI=1) 

이 코드는 오류 발생 :이 문제를 이해하기위한 I 아이디어와 자원에서 모든이야

Warning messages: 
1: "var.idx" is not a graphical parameter 
2: "var.idx" is not a graphical parameter 
3: "var.idx" is not a graphical parameter 
4: "var.idx" is not a graphical parameter 
5: "var.idx" is not a graphical parameter 
6: "var.idx" is not a graphical parameter 
7: In plot.window(...) : "var.idx" is not a graphical parameter 
8: In plot.xy(xy, type, ...) : "var.idx" is not a graphical parameter 
9: In title(...) : "var.idx" is not a graphical parameter 

를, 당신의 도움이 많이 감사합니다!

Answer 1

MCMCglmm 모델의 고정 효과는 $Sol에 의해 액세스됩니다. [,]을 사용하면 원하는 고정 효과를 지정할 수 있습니다. 쉼표는 모든 반복 인 모든 행을 지정합니다.

coefplot2(m1$Sol[,1:5]) 

는 MCMCglmm 모델 m1의 처음 5 개 고정 효과를 플롯됩니다. $Sol에서도 수준별 임의 효과에 액세스 할 수 있습니다.

임의 효과는 $VCV에 의해 액세스됩니다.

coefplot2(m1$VCV[,c(1,3)] 

은 1과 MCMCglmm 모델 m1의 3 무작위 효과를 플롯합니다.