2017-02-10 3 views
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필자는 PhD를 사용하여 PhD의 일부 화학 구조에 대한 스크립트를 작성합니다. 파이썬 용 openbabel 라이브러리를 설치하고 싶습니다. 최선을 다했지만 설치하지 못했습니다. 항상 오류가 발생합니다 : Error: SWIG failed. Is Open Babel installed? 다음은 내 PC의 파이썬 경로입니다 : C:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32. Openbabel은 다음 경로 C:\Program Files (x86)\OpenBabel-2.3.1에 설치됩니다.Windows 10에 Python 3.6 용 openbabel을 설치하려면 어떻게해야합니까?

내가 python -m pip install openbabel를 실행, 그것은 다음과 같은 오류 제공 :

C:\Users\malih>python -m pip install openbabel 
Collecting openbabel 
Using cached openbabel-2.4.1.tar.gz 
Installing collected packages: openbabel 
Running setup.py install for openbabel ... error 
Complete output from command C:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\python.exe -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-glr82a7x\\openbabel\\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record C:\Users\malih\AppData\Local\Temp\pip-02z3p_a9-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --compile: 
running install 
running build_ext 
Warning: pkg-config could not be found. 
Guessing Open Babel location: 
- include_dirs: ['C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\include', 'C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\include', '/usr/local/include/openbabel-2.0'] 
- library_dirs: ['C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\libs', 'C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\PCbuild\\win32', '/usr/local/lib'] 
building '_openbabel' extension 
swigging openbabel-python.i to openbabel-python_wrap.cpp 
swig.exe -python -c++ -small -O -templatereduce -naturalvar -IC:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\include -IC:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\include -I/usr/local/include/openbabel-2.0 -o openbabel-python_wrap.cpp openbabel-python.i 

Error: SWIG failed. Is Open Babel installed? 
You may need to manually specify the location of Open Babel include and library directories. For example: 
    python setup.py build_ext -I/usr/local/include/openbabel-2.0 -L/usr/local/lib 
    python setup.py install 

---------------------------------------- 
Command "C:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\python.exe -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-glr82a7x\\openbabel\\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record C:\Users\malih\AppData\Local\Temp\pip-02z3p_a9-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in C:\Users\malih\AppData\Local\Temp\pip-build-glr82a7x\openbabel\ 

내가이 페이지의 지시 사항을 따르려고 노력을하지만 그들은 리눅스에 대한 순수하고 난 Windows 용 그들을 따르지 수 : How do I use python-openbabel in Travis CI?

또한 다음과 같은 가이드에서 PKG-설정을 설치하려고하지만, 심지어 그 후, 동일한 오류 제공 : How to install pkg config in windows?

을 내 작업이 이것에 기반을두고 있으며이 시점에서 고생하고 있으므로이 부분을 도와주십시오. 시간 내 주셔서 감사드립니다.

답변

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pip install은 윈도우가 아닌 것으로 유명합니다. 어느 웹 사이트 및 다운로드를 openbabel + 윈도우 바이너리를 설치로 이동 한 다음 바인딩 파이썬을 설치 + 다운로드하거나 다운로드 한 디렉토리로 unoffical official openbabel 파이썬 창은 다음 cd를 구축 사용하고 pip install OPENBABEL_FILE_WINDOWS.whl

수행 최근 일부를 꽤 할 수 있었다 Openbabel을 사용하여 2D mol 파일 -> 3D mol 파일 변환 작업 수행 그것이 당신을 위해 어떻게 작동하는지 알려주세요.

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편집 : 나는 또한 추가해야합니다, python3.x는 python2.x 할 breakingly 다르다. 그래서 아무것도 망가 뜨리면 python2.x로 시도하십시오.

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안녕하세요. @ 팬더 완즈 정말 고마워요. 그것은 꽤 빠르며'pip install openbabel-2.4.1-cp36-cp36m-win32.whl'을 사용하여 설치했습니다. 올바르게 작동하는지 확인하는 예제도 있습니다. 나중에 상세한 사용법을 살펴 보겠습니다. 나는 다음과 같은 온라인 예제를 시도했으나 오류가 발생했다 :'import pybel mol = pybel.readstring ("smi", "CC (= O) Br") mol.make3D() print (mol.write ("sdf"))' 또한 형식을 읽지 않습니다. 'ValueError : mol2는 인식 된 Open Babel 형식이 아닙니다. ' – Hashmi

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사과, 나는 아직도 당신이 openbabel windows 바이너리를 다운로드하고 설치해야한다고 생각한다. 이 가설을 테스트하려면 명령 줄로 이동하여 'obabel이 내부 명령으로 인식되지 않습니다'라는 메시지가 나타나면 obabel -V을 입력하십시오. 그러면 Windows 바이너리를 설치해야합니다. Whl 파일은 파이썬 바인딩 일뿐입니다. – pandamakes

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