생물 정보학을위한 최고의 OS?

Question

생물 정보학 작업에 가장 적합한 운영 체제는 무엇입니까? 64 비트 Windows, Linux/Unix 또는 OS X 용 도구 대부분입니까?

Answer 1

유닉스 시스템은 과학적으로 인기가 높기 때문에 특히 FORTRAN을 사용할 계획이라면 리눅스를 제안합니다. Windows를 사용해 볼 수도 있지만 Windows API는 정확히 프로그래머가 아닙니다.-firendly 및 C# (대부분의 응용 프로그램에서 매우 빠르지 만) 과학적 계산에는 너무 느립니다. F #은 과학에 정말 뛰어납니다 만 복잡한 계산을 할 수있을만큼 빠르지는 확실하지 않습니다.

Qt 나 wxWidgets와 같이 C++, STL 및 plaft와 독립적 인 GUI 툴킷을 사용할 수도 있습니다. 이렇게하면 플랫폼에 대해 걱정할 필요가 없습니다.

Answer 2

이 분야의 많은 선수들이 대학이기 때문에, 많은 대학들이 리눅스를 사용하기 때문에 내 추측이 될 것입니다. 나는 나의 석사 과정에서 리눅스를 사용하게 된 학교에서 생물 정보학과를 알고있다.

Answer 3

우분투와 같은 인기있는 리눅스 배포판을 사용한다면, 처음에는 펄을로드하고 (필자의 생각에 따르면) 파이썬을로드하게됩니다. 이것들은 생물 정보학에서 사용되는 대중적인 언어이며, 훌륭한 라이브러리 (Bioperl/biopython/CPAN/etc)를 가지고 있습니다.

또한 사용하지 않았지만 DNALinux이 이런 종류의 것으로 만들어졌습니다.

Answer 4

'최상의'OS가 아닐지라도 거기에는 수많은 Windows 소프트웨어가 있습니다. 파마에서 일한 나는 SAS, SPlus, StatXact, NQuery 등을 보았습니다.

그러나 Linux 로의 이동이 증가하고 있습니다. 예를 들어 R 프로그래밍은 여러 OS에서 사용할 수 있습니다. 최종 사용자가 시스템을 잘 알고 있기 때문에 침투 속도가 느린 것으로 판단됩니다.

Answer 5

Mac OS X에서는 가상 컴퓨터에 Windows를 설치할 수 있으며 유닉스입니다. 그럼 리눅스의 모든 장점 ("포트"패키지 관리 프로그램).

그냥 내 USD 0.02.

Answer 6

로드 된 질문의 종류 ... 생물 정보학 분석은 기존 소프트웨어를 사용하는 것에서부터 자신의 소프트웨어를 개발하는 것까지 다양합니다. 그래서 당신이 성취하고자하는 바에 따라 다른 답이 나옵니다. 그러나 대부분의 생물 정보학 소프트웨어는 소스에서 컴파일해야하고 Linux 호환 플랫폼에서 개발되었을 가능성이 높으므로 Linux가 최선의 방법 일 것입니다. 현재 설정은 VirtualBox에서 실행중인 Windows OS입니다. 이 방법을 사용하면 하드웨어 지원 (Linux가 아직 부족함)과 내 연구에 필요한 수많은 소프트웨어 프로그램을 사용할 수있는 능력을 얻게됩니다.

Answer 7

bioinfo의 경우 Linux는 좋지만 데이터 분석을 위해 소프트웨어가 필요할 수 있습니다. 예를 들어, 제 경우에는 어도비 일러스트 레이터를 통해 스크립트를 통해 생성 된 벡터 그래픽 이미지를 개선해야했습니다. 이 경우 전체 리눅스 설치가 나에게 좋지 않을 것입니다.

서버와 실행 프로그램 (주로 perl 스크립트, bioinfo 커뮤니티가 perl을 좋아하기 때문에)을 강력하게지지합니다. 다른 어떤 유닉스도 쓸모가 없거나 곧 올 것입니다.

따라서 내 제안은 서버의 Linux와 랩톱의 다른 Unix이므로 더 나은 호환성을 제공합니다. 데스크탑 용 Unix 솔루션은 MacOSX만이 유일하므로, 이것이 여러분의 질문에 대한 해답입니다.

Answer 8

생물 정보학 및 이와 유사한 도메인에서 일반적으로 호스트/게스트/대상 OSes가 포함 된 도구 세트 중에서 선택합니다.귀하가 일하는 OS는 주로 당신이 일하는 곳/방법에 달려 있습니다.

필자는 순수한 Linux에서 "순수한"Windows (helil lo Cygwin)로 다양한 작업 환경에서 일했습니다. 나는 Mac OS X에서 일한 적이 없지만 독점적으로하는 사람들도 알고 있습니다.

광범위한 배포를 위해 OSS 응용 프로그램을 개발하려는 경우 리눅스, ANSI C, Perl/Python, Apache/MySQL (즉, LAMP 스택)을 사용하십시오. 게다가 Windows 용 비슷한 "WAMP"스택이 있으며 Cygwin을 사용하면 Linux에서 개발 된 많은 도구를 컴파일하고 사용할 수 있습니다. 내가 아는 한 많은 Mac OS X에서 많은 Linux 응용 프로그램을 만들거나 실행할 수 있습니다.

데이터 분석/시각화를 위해 널리 사용되는 상용 및 심지어 많은 OSS 도구는 네이티브 또는 자바 버전으로 실행됩니다. 그래서 최고의 설정은 네이티브 Windows XP 머신과 리눅스의 실제/가상 인스턴스에 대한 [xhosted] 액세스 일 것입니다.

Answer 9

Windows는 좋은 선택입니다. AnnHyb, MeltSim, Base Pad 및 Winblast와 같이 원하는 표준 응용 프로그램이 많이 있습니다.

Answer 10

리눅스를 살펴보세요! 이것은 운영체제 일뿐만 아니라 사람들 공동체에 의해 모든 부분에서 (커널에서 다양한 프로그램에 이르기까지) 생성되고 유지 관리되는 소프트웨어 프로젝트입니다.

Linux를 오랫동안 (1 년 또는 2 년) 사용하면 사람들의 공동체에 살고 기여하는 방법을 배우게되며 이는 과학자에게 매우 유용 할 수 있습니다.

기술적 인 관점에서 볼 때 Linux는 Unix 시스템의 무료 복제본이므로 플랫 파일을 관리하기위한 많은 도구와 함께 명령 줄 (bash)에서 작업하는 것이 좋습니다. (sed, awk, grep)을 사용하면 텍스트 파일을 직접 열지 않고도 작업을 실행할 수 있습니다. 또한 시스템에 설치된 프로그램을 관리하고 클릭 한 번으로 새 프로그램을 다운로드하고 설치할 수있는 유용한 도구가 있습니다. 고급 독점 프로그램이 부족할 수도 있지만, 반대편에는 좋은 문서가있는 무료 도구가 많이 있습니다.

저는 4 년 동안 Linux를 사용해 왔으며 다른 운영 체제를 전혀 놓치지 않았습니다.

Answer 11

저는 최근에 맥북으로 큰 변화를 보았습니다. 컨퍼런스에서 최근 맥북은 리눅스 나 윈도우 랩탑을 따라 잡았다. 맥 노트북의 장점은 쉘에서 노트북의 모든 리눅스 작업을 할 수 있다는 것입니다. 그리고 실제로 랩톱을 사용하여 다른 비 핵심 작업 물을 처리 할 수 ​​있습니다. Windows 응용 프로그램에는 Parallels 또는 VMFusion을 사용하며 전체 Windows VM을 실행할 필요가없는 단일성과 같은 기능이 있습니다.

데스크톱 쪽에서는 여전히 리눅스를 추천합니다. 이는 모든 종류의 서버 인프라를 개발하면 전개 환경이 항상 Linux이기도하기 때문입니다. 서버상의 Red Hat은 학술 환경에서 널리 사용됩니다. 그러나 이것은 예전만큼 큰 거래가 아니며 많은 Mac 기반 데스크탑도 보았습니다. 나는 또한 개발을 위해 노트북을 사용하는 사람들의 수가 증가하고 있음을 주목한다.

거의 모든 생물 정보 소프트웨어는 Linux에서 사용할 수 있습니다 (따라서 Mac에서는 일반적으로 작동합니다). 나는 거의 모든 오픈 소스의 리눅스에서 사용할 수없는 생물 정보학 프로그램을 아직 찾지 못했다. Mac의 주요 장점은 Illustrator와 같은 프레젠테이션 및 프로그램에 적합한 우수한 소프트웨어입니다. LaTeX는 원고 작성을위한 Mac에서도 잘 지원되며 Word는 기본적으로 비 괴짜와 문서를 공유하기 위해 작동합니다.

perl과 python (생물 정보학의 프랑수아)과 같은 스크립팅 언어는 Mac에서 잘 지원되며 많은 Linux 버전이 있다는 것을 기억해야합니다. 동일한 스크립트가 리눅스의 다른 버전에서 실행되기 위해서는 약간의 작업이 필요할 수 있습니다.

Answer 12

저는 대학에서 생물 정보학 과정을 수강했으며 Windows, Linux, Solaris 및 일부 웹 기반 도구에서 다양한 도구를 사용했습니다.

짧은 답변은 위의 항목 중 하나에 액세스해야한다고 생각합니다. 비록 당신은 창문이나 리눅스에 대처할 수 있어야합니다. 해당 플랫폼에서 사용할 수있는 도구로 제한됩니다.

생물 정보학 도구는 대개 perl 또는 java로 작성되었으며 최근에는 파이썬이 대부분 플랫폼 독립적 인 것으로 생각합니다.

C로 작성된 도구가 있으므로 사용하기 위해 만들어진 플랫폼이 필요하거나 선택한 플랫폼에 맞는 빌드를 찾아야합니다.

Answer 13

Bioinformatics는 여전히 텍스트 파일 처리에 크게 의존하는 분야이며,이 Linux는 많은 핵심 유틸리티를 제공합니다. -이 있어야합니다 일부는 고양이, 이 이 잘라을 나오지도, 붙여 넣기, 그렙 있습니다, 플러스 물론 펄과 파이썬 인터프리터를 사전 설치되어 있습니다. 또한 R (통계 계산 용)과 같은 소프트웨어는 Linux에서 메모리 제한이 없습니다 (Windows의 경우 보안상의 이유로 사용 가능한 RAM의 비율로 제한됩니다).

Answer 14

생물학 실험실의 대부분의 학생과 박사후 과정은 Mac 및 OS/X를 사용합니다. 그것은 가장 중요한 플랫폼입니다. 일반적으로 생물 정보학 유형은 comp sci 지향적이지만 생물학 자나 생체 공학자와 인터페이스해야합니다. 이들은 종종 comp sci에 많이 포함되지 않습니다. 바이오 인포 매틱스 컨퍼런스에서 O/S가 실행되는 랩톱의 수를 세어보고 가장 많이 사용되는 OS/X가 될 것입니다. 많은 생물 정보학 도구는 Perl 또는 Java로 작성되어 Python이 대중화됩니다. POSIX 운영 체제 용으로 작성된 수많은 타사 라이브러리가있는 POSIX 지향 언어이기 때문에 Windows를 선택하는 것은 그리 좋은 선택이 아닙니다. 그러나 biorobotics와 같은 계측기 제어를위한 대부분의 상용 응용 프로그램은 주로 Windows 용으로 작성되었습니다. 이러한 공급 업체는 가장 일반적으로 사용되는 기업 플랫폼을 선택하기 때문에 (일반적으로 생물 학자의 불만을 무시함).