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자바에서 HashMap과 관련된 문제가 있습니다. 문제를 자세히 설명하기 위해 먼저 참조 할 수있는 코드를 게시 할 것입니다.Java HashMap 내용이 변경되지 않고 변경된 것 같습니다.
public void BLASTroute(String args[]) throws IOException, InterruptedException{
...
correctMapping CM = new correctMapping();
CM.correctMapping(RB.BLASTresults, exists);
CalculateNewConsensusSequence CNCS =
new CalculateNewConsensusSequence();
char[] consensus = CNCS.calculateNewConsensusSequence(
CM.newSeq, CM.remindGaps, EMBLreaderReference.sequence, exists);
HashMap<Integer, ArrayList<String>> gapsFused =
new HashMap<Integer, ArrayList<String>>();
for (Integer i : CM.remindGaps.keySet()) {
ArrayList<String> newList = CM.remindGaps.get(i);
gapsFused.put(i, newList);
}
GenerateGeneLists GGL = new GenerateGeneLists(
EMBLreaderReference, CM.newSeq, gapsFused, exists,
GQList, allMappedPositions);
System.out.println(CM.remindGaps.hashCode());
gapsFused=GGL.generateGeneListSNP(gapsFused);
System.out.println(CM.remindGaps.hashCode());
System.out.println(gapsFused.hashCode());
GGL.generateGeneListFrameShift(gapsFused);
}
다음이 발생합니다 : 내 클래스 correctMapping에서
, 내가 remindGaps라는 전역 변수를 입력합니다. 나중에 일부 기능에서 사용하고 아무 일도 일어나지 않습니다. 모든 것이 예상대로 작동합니다.그런 다음 gapsFused라는 HashMap의 복사본을 만듭니다 (내 문제와 관련이 있는지는 알 수 없습니다).
이제 재미있는 부분이 생겼습니다. 클래스 GenerateGeneLists에서 remindGaps HashMap을 사용하지 않습니다.
그러나 generateGeneListSNP 함수를 수행 한 후 remindGaps가 변경되었습니다! 당신은 더 나은 나를 도울 수 있도록 나는뿐만 아니라 당신을 위해 코드를 게시 할 수 있습니다 :
public GenerateGeneLists(EMBL_reader EMBLreaderReference,
HashMap<String,ArrayList<String>> newSeq,
HashMap<Integer,ArrayList<String>> gapsFused, File exists,
ArrayList<GeneQualifier> GQlist,
HashMap<Integer,Integer> allMappedPositions)
throws InterruptedException{
this.EMBLreaderReference=EMBLreaderReference;
this.newSeq=newSeq;
//this.gapsFused=gapsFused;
this.exists=exists;
this.GQlist=GQlist;
this.allMappedPositions=allMappedPositions;
for (GeneQualifier GQ : this.GQlist){
startlist.add(GQ.start);
stoplist.add(GQ.stop);
startMap.put(GQ.start,GQ);
}
}
public HashMap<Integer,ArrayList<String>> generateGeneListSNP(
HashMap<Integer,ArrayList<String>> gapsFused)
throws IOException{
File GQSNP = new File (exists+"/GQsnp.txt");
BufferedWriter SNP = new BufferedWriter(new FileWriter(GQSNP));
SNP.write("#Gene_start\tGene_stop\tlocus_tag\tproduct" +
"\tputative_SNP_positions(putative_changes)\n");
HashMap<GeneQualifier,ArrayList<Integer>> GQreminder =
new HashMap<GeneQualifier,ArrayList<Integer>>();
for (String s : newSeq.keySet()){
ArrayList<String> blub = newSeq.get(s);
char[] qrySeq = blub.get(0).toCharArray();
char[] refSeq = blub.get(1).toCharArray();
int start = Integer.valueOf(blub.get(2));
int stop = Integer.valueOf(blub.get(3));
for (int i=0;i<refSeq.length;i++){
if (qrySeq[i]!=refSeq[i]&&qrySeq[i]!='-'&&qrySeq[i]!='.'){
if (mismatchList.containsKey(start+i)){
ArrayList<Character> blah = mismatchList.get(start+i);
blah.add(qrySeq[i]);
mismatchList.put(start+i, blah);
}
else {
ArrayList<Character> blah = new ArrayList<Character>();
blah.add(qrySeq[i]);
mismatchList.put(start+i,blah);
}
}
else if (qrySeq[i]!=refSeq[i]&&(qrySeq[i]=='-'||qrySeq[i]=='.')){
if (!gapsFused.containsKey(start+i)){
ArrayList<String> qwer = new ArrayList<String>();
qwer.add(String.valueOf(qrySeq[i]));
gapsFused.put(start+i,qwer);
}
else {
ArrayList<String> qwer = gapsFused.get(start+i);
qwer.add(String.valueOf(qrySeq[i]));
gapsFused.put(start+i,qwer);
}
if (!deletionPositionsAndCount.containsKey((start+i))){
int count = 1;
deletionPositionsAndCount.put(start+i, count);
}
else {
int count = deletionPositionsAndCount.get(start+i);
count = count+1;
deletionPositionsAndCount.put(start+i, count);
}
}
}
}
for (Integer a : mismatchList.keySet()){
for (int i=0;i<startlist.size();i++){
int start = startlist.get(i);
int stop = stoplist.get(i);
if (a>=start && a<=stop){
GeneQualifier GQ = startMap.get(start);
if (!GQreminder.containsKey(GQ)){
ArrayList save = new ArrayList<Integer>();
save.add(a);
GQreminder.put(GQ,save);
}
else {
ArrayList save = GQreminder.get(GQ);
save.add(a);
GQreminder.put(GQ,save);
}
break;
}
}
}
for (GeneQualifier GQ : GQreminder.keySet()) {
ArrayList<Integer> save = GQreminder.get(GQ);
int start = GQ.start;
int stop = GQ.stop;
String locus_tag =
GQ.geneFeatures.get("locus_tag").get(0).replace("\n", "");
String product =
GQ.geneFeatures.get("product").get(0).replace("\n", "");
SNP.write(start + "\t" + stop + "\t" + locus_tag +
"\t" + product + "\t");
boolean end = false;
for (int i = 0; i < save.size(); i++) {
if (i==save.size()-1) end=true;
int posi = save.get(i);
SNP.write(posi + "(");
ArrayList<Character> mismatches = mismatchList.get(posi);
for (int j = 0; j < mismatches.size(); j++) {
char snipp = mismatches.get(j);
if (j == mismatches.size() - 1) {
SNP.write(snipp + ")");
} else {
SNP.write(snipp + ",");
}
}
if (end == false){
SNP.write(",");
}
}
SNP.write("\n");
}
SNP.close();
return gapsFused;
}
을 당신이 remindGaps이 클래스에서 사용되지 않습니다 볼 수 있듯이,하지만 여전히 그것은 변화를 겪는다. 왜 이런 경우인지 알고 있습니까?
제가 테스트 한 것은 gapsFused (첫 번째 HashMap의 만들어진 복사본)를 수동으로 변경하면 remindGaps가 변경되는지 여부입니다. 이것은 사실이 아니므로 복사 프로세스가 잘못되었다고 생각하지 않습니다 (예를 들어 다른 HashMap을 가리키거나 참조하는 경우).
이 문제를 해결하기 위해 귀하의 아이디어와 도움에 감사드립니다.
필자가 보았 듯이 "예"사용자가 귀하의 예를 지나치게 자세한 것으로 보입니다. 가장 관련성이 높은 코드 섹션을 좁히는 데 시간을 투자해야합니다. 어쨌든, 그것은 자체 포함되어 있지 않습니다 (http://sscce.org/). –
당신이 옳을 수도 있습니다. 문제가있는 곳과 그 특정 지역에서 일어나는 일을 분명하게 지적하고 싶었습니다. 나는 오랫동안 그것에 대해 생각하고 거의 모든 그물을 검색했기 때문에 적어도 한 가지 아이디어에 열망하고 있습니다. 그러나 아무도 약 15 분 안에 글을 쓰지 않으면 코드를 줄입니다. 조언 해 주셔서 감사합니다. – user1365291