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XML 형식의 Blastx 출력 파일에서 키워드 (사용자가 지정)를 성공적으로 검색하는 스크립트를 만들었습니다. 이제, 정렬 제목의 키워드를 포함하는 레코드 (쿼리, 히트, 스코어, evalue 등)를 새 파일에 작성해야합니다.blastx 출력 파일에서 특정 항목을 추출하고 새 파일에 쓰기
각 쿼리 제목, 히트 타이틀, e- 값 및 정렬 길이에 대해 별도의 목록을 만들었지 만 새 파일에 쓸 수는 없습니다.
문제 1 : 파이썬 오류 및 목록 중 하나에 값이없는 경우 ...? 그런 다음 다른 모든 목록은 쿼리에 대한 잘못된 정보를 제공합니다 ("선 미끄러짐", 경우 ...).
문제 2 : 파이썬에서 오류가 발생하지 않고 모든 목록의 길이가 같은 경우에도 어떻게 파일에 쓸 수있어 각 목록의 첫 번째 항목이 서로 연결됩니다 (따라서 , 각 목록의 항목 # 10도 연관되어 있습니까?) 대신 사전을 만들어야합니까?
문제 # 3 : 사전은 키에 대해 단 하나의 값을 가지고, 어떤 내 쿼리가 여러 안타가있는 경우? 덮어 쓰거나 건너 뛸 것인지 또는 오류 일지 확실하지 않습니다. 어떤 제안? 나의 현재 스크립트 :
from Bio.Blast import NCBIWWW from Bio.Blast import NCBIXML import re #obtain full path to blast output file (*.xml) outfile = input("Full path to Blast output file (XML format only): ") #obtain string to search for search_string = input("String to search for: ") #open the output file result_handle = open(outfile) #parse the blast record blast_records = NCBIXML.parse(result_handle) #initialize lists query_list=[] hit_list=[] expect_list=[] length_list=[] #create 'for loop' that loops through each HIGH SCORING PAIR in each ALIGNMENT from each RECORD for record in blast_records: for alignment in record.alignments: #for description in record.descriptions??? for hsp in alignment.hsps: #for title in description.title??? #search for designated string search = re.search(search_string, alignment.title) #if search comes up with nothing, end if search is None: print ("Search string not found.") break #if search comes up with something, add it to a list of entries that match search string else: #option to include an 'exception' (if it finds keyword then DOES NOT add that entry to list) if search is "trichomonas" or "entamoeba" or "arabidopsis": print ("found exception.") break else: query_list.append(record.query) hit_list.append(alignment.title) expect_list.append(expect_val) length_list.append(length) #explicitly convert 'variables' ['int' object or 'float'] to strings length = str(alignment.length) expect_val = str(hsp.expect) #print ("\nquery name: " + record.query) #print ("alignment title: " + alignment.title) #print ("alignment length: " + length) #print ("expect value: " + expect_val) #print ("\n***Alignment***\n") #print (hsp.query) #print (hsp.match) #print (hsp.sbjct + "\n\n") if query_len is not hit_len is not expect_len is not length_len: print ("list lengths don't match!") break else: qrylen = len(query_list) query_len = str(qrylen) hitlen = len(hit_list) hit_len = str(hitlen) expectlen = len(expect_list) expect_len = str(expectlen) lengthlen = len(length_list) length_len = str(lengthlen) outpath = str(outfile) #create new file outfile = open("__Blast_Parse_Search.txt", "w") outfile.write("File contains entries from [" + outpath + "] that contain [" + search_string + "]") outfile.close #write list to file i = 0 list_len = int(query_len) for i in range(0, list_len): #append new file outfile = open("__Blast_Parse_Search.txt", "a") outfile.writelines(query_list + hit_list + expect_list + length_list) i = i + 1 #write to disk, close file outfile.flush() outfile.close print ("query list length " + query_len) print ("hit list length " + hit_len) print ("expect list length " + expect_len) print ("length list length " + length_len + "\n\n") print ("first record: " + query_list[0] + " " + hit_list[0] + " " + expect_list[0] + " " + length_list[0]) print ("last record: " + query_list[-1] + " " + hit_list[-1] + " " + expect_list[-1] + " " + length_list[-1]) print ("\nFinished.\n")