이 권리를 얻은 경우 로컬 정렬 행렬에 최대 값이 하나 이상있을 수 있습니다. 따라서 최적의 로컬 정렬을 얻으려면 매트릭스 대신 위의 모든 최대 값의 위치를 찾아 개별적으로 다시 추적해야합니다. 맞습니까?Smith-Waterman을 사용하여 최적의 지역 정렬을 찾는 방법은 무엇입니까?
예 :
XGTCXXGTCX
|||
AGTCA
XGTCXXGTCX
|||
AGTCA
모든 같은 것은 최적의 정렬이 없습니다. 하나의 최적 정렬 만 있어야합니다. 나는 같은 정렬에 대해 여러 경로가있을 수 있지만 같은 전체 점수를 가질 것이고 그것은 당신이 묻고있는 질문의 종류처럼 보이지 않습니다.
게시물의 다이어그램에서 여러 개의 (입문자) 히트 수가 표시됩니다. 그런 경우, 내가 한 일은 스미스 워터맨을 한 번 실행하고 최적의 정렬을 얻는 것입니다. 그런 다음 대상 시퀀스가 다운 스트림 시퀀스 만 포함하도록 다듬어 진 새 정렬을 생성합니다. 이 방법의 장점은 S-W 코드를 수정할 필요가 없으며 타사 코드의 내부를 파고들 필요가 있다는 것입니다.
그래서 그 결과는 다음과 같습니다
정렬 한
XGTCXXGTCX
|||
AGTCA
상류 대상 시퀀스를 삭제
XGTCXXGTCX => XGTCX
정렬이
XGTCX
|||
AGTCA
을 유일한 까다로운 부분입니다 너는 가지고있다. 정렬에서 얼마나 많은베이스가 삭제되었는지 추적하여 일치 좌표를 올바르게 조정할 수 있습니다.
'ALL 최적 정렬과 같은 것은 없습니다. 오직 하나의 최적 정렬이 있어야합니다.'당신은 어떻게 결론에 도달 했습니까? 나에게 잘못된 것. – cel
S-W 관점에서 볼 때 최적화 정렬은 오직 1 개입니다. 복수의 정렬이 동일한 최상의 점수를 갖는다면, 오직 하나만이 선택되고 (하나는 구현에 따라 선택 됨), 선택된 정렬은 오직 하나 일 수있다. – dkatzel
기본적으로 정의에 따른 SW-Alignment는 하나의 요소 만 출력합니다. 흠, 그렇다면 OP는 모든 최적의 로컬 정렬을 출력하는 SW 알고리즘의 수정을 요구하고 있습니다. – cel
나는이 게시물이 요즘 꽤 오래된 것임을 알고 있지만 다른 사람들도 도움을 찾고있는 동안 이것을 발견 할 수 있으며 나의 의견으로는 정답이 아직 주어지지 않았다. 따라서 : 분명히, 최적의 로컬 정렬이 여러 개있을 수 있습니다. 방금 예를 들어 보았습니다. 그러나 정확한 로컬 정렬 스코어가 정확히 하나 있습니다. SmithWaterman-Algorithm을 제시 한 원고를 보면 스미스와 워터맨은 이미 두 번째로 좋은 정렬, 가장 좋은 정렬을 찾는 법을 알려줍니다.) : https://pdfs.semanticscholar.org/40c5/441aad96b366996e6af163ca9473a19bb9ad.pdf
그래서 (다른 답변과 달리) SmithWaterman-Algorithm은 두 번째로 우수한 로컬 정렬을 제공합니다. Scoringmatrix에서 두 번째로 좋은 점수를 확인하십시오 (귀하의 경우 최고 점수가 동일한 항목이 여러 개있을 것입니다). 가장 좋은 로컬 정렬과 관련이 없으며 일반적인 역 추적을 수행하고 문제를 해결했습니다. :)
짧은 대답 : 예. – cel