포인터를 사용하는 h5py 대칭 배열

Question

대칭 끝에있는 사용자 정의 h5py 배열을 만드는 방법을 찾고있었습니다. 이상적으로 배열이 만들어 질 때 a[i][j]과 a[j][i]이 가리키는 단일 값을 가지게됩니다. 그 이유는 제가 원거리 벡터를 사각형 형태의 행렬에 쓰려고하기 때문입니다. 벡터와 정사각형 행렬은 너무 커서 메모리에 저장할 수 없으므로 정사각형 행렬을 만드는 비교적 빠른 솔루션을 원합니다.

Answer 1

여분의 논리를 사용하여 1D 배열을 사용하여 행렬의 위쪽 삼각형을 저장하는 것이 좋습니다. 당신이로하는 기능을 쓸 수

[[0 1 2 3 ] 
[x 4 5 6 ] 
[x x 7 8 ] 
[x x x 9 ]] 

:

from __future__ import division 
def tri_ravel_factory(n_cols): 
    def tri_ravel(j, k): 
     assert j < n_cols, 'j out of range' 
     assert k < n_cols, 'j out of range' 
     assert j >= 0, 'j out of range' 
     assert k >= 0, 'j out of range'   
     if k < j: 
      j, k = k, j 
     #return sum(n_cols - tmp for tmp in range(0, j)) + (k - j) 
     return j * n_cols - (j * (j-1))//2 + (k-j) 
    return tri_ravel 


test_ravel = tri_ravel_factory(4) 
indx = test_ravel(1, 0)  

이는 당신에게 2 배를 얻을 수> 2D 배열이 같은 매핑 - < 1 차원 배열의 인덱스를지도 . 스파 스 배열을 사용하여 필요한 거리를 계산하거나 거리의 대부분을 계산할 필요가없는 방법을 찾는 것이 좋습니다 (예 : distance < r과 쌍을 맺는 것처럼).