R : apt-get install r-cran-foo 대 install.packages ("foo")

Question

우분투에서 R 패키지 (이 예에서는 mcmcpack)를 설치할 때 다음 두 가지 설치 방법 중 하나를 선택할 수 있습니다 :

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades 
apt-get install r-cran-mcmcpack 

# Let R take care of installation/upgrades 
install.packages("mcmcpack") 

질문 :

• 는 "가장 좋은 방법"으로 간주 R 패키지를 설치하는 두 가지 방법 중 하나를인가?
• 내가 먼저 install.packages("mcmcpack") 이상을 apt-get install r-cran-mcmcpack이라고 가정합니다. 문제가 예상 되나요?
• 내가 먼저 apt-get install r-cran-mcmcpack 이상을 install.packages("mcmcpack")이라고 가정합니다. 문제가 예상 되나요?

Answer 1

보이는 것처럼 쉽지 않습니다.

• apt-get update는 경우 좋은 및

  • 패키지가 존재하는 경우 - 그러나 CRAN에서 2100+ 패키지의 풀 (pool) 중 단지 약 150 정도 r-cran-* 패키지, 그래서 오히려 스파 스 범위

    이있다

  • 패키지는 버그 무료 전류가

  • 당신이 바이 충분히 행복하다, 유지 우분투

    에 의해 연간 출시

• install.packages() 이후 update.packages()이 경우 좋은 및

  • 당신이 그것을 (r-base-dev 외에) 내장 시간 종속성을하는 데 걸리는 알고

  • 설치 당신은 뿐만 아니라 apt-get 업데이 트를 손으로 실행해도 상관 없습니다. 직장에서 내 우분투 시스템에서

, 나는 두 번째 솔루션과 함께 할 것입니다. 하지만 첫 번째 프로그램이 이기 때문에의 적용 범위가있는 경우 cran2deb을 빌드하여 amd64 및 i386에 대해 2050+ 바이너리 deb 패키지를 제공합니다. 단, 데비안 테스트에만 해당됩니다. 그것이 제가 집에서 사용하는 것입니다.당신은 '당신이 문제를 기대한다'여부의 마지막 질문에 관해서는

: R_LIBS_SITE이 /etc/R/Renvironment에 설정되어 있기 때문에 아니, 할 당신의 패키지 apt가 관리하는 반면 /usr/local/lib/R/site-library로 이동 것을 의미한다

# edd Apr 2003 Allow local install in /usr/local, also add a directory for 
#    Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007 Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS 
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\ 
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'} 

/usr/lib/R/site-library 및 기본 패키지의 경우 /usr/lib/R/library으로 이동하십시오.

희망을 명확히하는 희망. r-sig-debian 메일 링리스트는 이와 같은 질문에 대한 정보가 풍부한 곳입니다.

Answer 2

• 난 당신이 표준 시스템 도구를 통해 자동 업데이트를하기 때문에 apt-get 최선의 방법을 사용하는 것이 좋습니다 것입니다.

• 2 개의 버전이 설치되어 있으면 R 설치에 따라 다음과 같은 다른 패키지 버전을로드 할 수 있습니다. 일반적으로 개인 (아마도 구식 일 수 있습니다) 하나를 먼저로드해야합니다.

• 위 참조.