BioPython : 아미노산 서열에 'J'가 들어있어 분자량을 계산할 수 없습니다.

Question

색인 1의 아미노산 서열을 가지고있는 Excel 파일에 제가 작업하고있는 데이터가 있습니다. 다른 속성을 계산하려고합니다. BioPython을 사용하여 시퀀스를 기반으로합니다. 지금 가지고있는 코드는 다음과 같습니다.

import xlrd 
import sys 
from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis 

print '~~~~~~~~~~~~~~~ EXCEL PARSER FOR PVA/NON-PVA DATA ~~~~~~~~~~~~~~~' 

print 'Path to Excel file:', str(sys.argv[1]) 
fname = sys.argv[1] 
workbook = xlrd.open_workbook(fname, 'rU') 

print '' 
print 'The sheet names that have been found in the Excel file: ' 
sheet_names = workbook.sheet_names() 
number_of_sheet = 1 
for sheet_name in sheet_names: 
    print '*', number_of_sheet, ':  ', sheet_name 
    number_of_sheet += 1 

with open("thefile.txt","w") as f: 
    lines = [] 
    f.write('LENGTH.SEQUENCE,SEQUENCE,MOLECULAR.WEIGHT\n') 
    for sheet_name in sheet_names: 
     worksheet = workbook.sheet_by_name(sheet_name) 
     print 'opened: ', sheet_name 
     for i in range(1, worksheet.nrows): 
      row = worksheet.row_values(i) 
      analysed_seq = ProteinAnalysis(row[1].encode('utf-8')) 
      weight = analysed_seq.molecular_weight() 
      lines.append('{},{},{}\n'.format(row[2], row[1].encode('utf-8'), weight)) 
    f.writelines(lines) 

분자량 계산을 추가 할 때까지 작업하고있었습니다.

Traceback (most recent call last): 
    File "Excel_PVAdata_Parser.py", line 28, in <module> 
    weight = analysed_seq.molecular_weight() 
    File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Bio/SeqUtils/ProtParam.py", line 114, in molecular_weight 
    total_weight += aa_weights[aa] 
KeyError: 'J' 

내가 Excel 데이터 파일에보고하고이 아미노산 서열은 J. 누군가가 '알 수없는 아미노산을'잡는다 바이오 파이썬의 패키지를 알거나 있습니까 포함 않음을 보여줍니다이는 다음과 같은 오류를 보여 주었다 또 다른 제안? 이 알 수없는 경우에는

Answer 1

peterjc으로 기재하면, J은 류신 (L) 또는 이소 루이 신 (I)을 암호화하는 모호한 아미노산이다.

>>> from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis 
>>> ProteinAnalysis('L').molecular_weight() 
131.1729 
>>> ProteinAnalysis('I').molecular_weight() 
131.1729 

그래서 일시적으로 분자량을 계산 L 또는 I 중 하나와 J의 모든 항목을 대체 할 수있는 : 모두 같은 분자량을 가지고있다.

Answer 2

바이오 파이썬은 IUPAC에서 단백질 분자량을 사용하고, https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Data/IUPACData.py

J 류신 또는 이소류신 (L 또는 I) 중 하나에 대한 모호한 아미노산을 코딩하고, NMR에 사용되는 볼 이 떨어져.

왜 분자량이 필요한지에 따라 L과 I를 사용하여 무게 평균을 사용하는 것이 적절합니까?