특정 유전자와 RNA-seq 데이터의 연관

유전자 목록 (침대 파일로)과 게놈 전체 RNA-seq 데이터 세트 (침대 파일로 저장 됨)가 있습니다. 저는 현재 파이썬 스크립트를 개발하고 있습니다.이 스크립트를 사용하면 전사 시작 사이트 (즉, 유전자의 시작 부분)의 500bp 업스트림에서 2000bp 업스트림으로 추출한 수를 추출하여 나중에 사용할 수 있도록이 값을 배열에 저장할 수 있습니다. 이 strand-입니다 ( 특정 유전자와 RNA-seq 데이터의 연관

feature_genes=np.zeros((6576, 2501)) 

for lines in feature: 
    for i in range(0,6575): 
     if line[5]==lines[5] and line[5]=='+' and line[0]==lines[0] and int(lines[1])>=int(line[1])- 500 and int(lines[1])<=int(line[1])+2000: 
      feature_genes[i][int(lines[1])-int(line[1])+500]=lines[4] 
     elif line[5]=='-' and line[0]==lines[0] and int(lines[2])+500>=int(line[2]) and int(lines[2])-2000<=int(line[2]) and lines[5]=='-': 
      feature_genes[i][-1*(int(lines[2])-int(line[2])-500)]=lines[4]

기능이 유전자의 bedfile 유전자 내 목록에 내 읽기를 나타냅니다

는, 각 라인이있는 특정 염기의 읽기 수를 포함

현재, 제 스크립트는 다음과 같습니다 특정 정보 및 판독이 관찰되지 않은 염기 쌍 또는 유전자의 위치를 각각 배제 함).

NB. .bed 파일의 형식은 다음과 같습니다.

Position 

0 chromosome 
1 transcription start site 
2 transcription termination site 
3 feature name 
4 read count 
5 strand

누구든지이 방법을 효율적으로 생각할 수 있습니까? 내 코드는 영원히 실행됩니다 (python 초보자).

출처

2014-02-09 user3285001

간단한 대답은 파이썬이 아니라 침대 도구를 사용하는 것입니다. 몇 가지 방법이 있습니다. 여기에 하나가 있습니다 :

1) TSS를 x 뉴클레오타이드로 업스트림하고 x 스트림을 다운 스트림으로 x 뉴클레오타이드로 확장하여 수학이 이미 처리되도록합니다.

2) abect 옵션을 사용하여 intersectBed를 사용하여 관심 영역을 포함하는 RNA-Seq 판독 값을 출력합니다 (또는 적용 범위의 깊이를 원하는 경우 coverageBed)

출처

2014-02-09 17:38:28 Chrismit

특정 유전자와 RNA-seq 데이터의 연관

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