근육에 의한 다중 서열 정렬

Question

MUSCLE 알고리즘을 사용하여 다중 서열 정렬을 원합니다.

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline 
muscle_exe = r"C:\Program file\muscle3.8.31_i86win32.exe" 
in_file = r"non_aligned.fasta" 
out_file = r"aligned.fasta" 
muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file) 
print(muscle_cline) 
stdout, stderr = muscle_cline() 

는하지만, 나는 다음과 같은 다른 방법을 사용하려는 :

nsequences = len(sequences) 

for i in range(nsequences): 
    for j in range(i+1, nsequences): 
    aln = alignment_function(sequences[i], sequences[j]) 
    print (sequences[i], sequences[j], aln) 

곳 시퀀스하여 파일 non_aligned.fasta에 포함 된 시퀀스 및 nsequences은 는 시퀀스 수입니다. 그래서 위의 코드에서 언급 한 것처럼 매번 근육으로 두 시퀀스를 정렬하고 두 시퀀스를 모두 인쇄하려고합니다. alignment_function (sequences [i], sequences [j])은 두 시퀀스의 정렬을 MUSCLE으로 수행하는 함수입니다. 어떻게해야합니까? 이것은해야 같은 후 출력 뭔가 :

seq1 seq2 aln12 
seq1 seq3 aln13 
seq2 seq3 aln23 

Answer 1

은 처음에는 아래와 같은 명령 줄에서 하나의 정렬을 시도 :

seq1.aln이며,

import os 
os.system("muscle -profile -in1 seq1.aln -in2 seq2.aln -out combinedAlignment.fasta -maxmb 15000") 

가, seq2는, AlN으로는 두 번째 순서 첫 번째 순서입니다 귀하의 출력은 combinedAlignment.fasta, maxmb는 선택 사항이지만 항상 사용하는 것이 좋습니다.