pubmed에서 최신 논문을 얻는 방법

Question

이것은 약간의 특정 질문이지만, 누군가는 전에 이것을 했어야합니다. pubmed에서 최신 논문을 얻고 싶습니다. 특정 주제에 관한 논문이 아니라 모든 주제. 내가 수정 날짜 (mdat)에 따라 쿼리를 생각. biopython.py를 사용하고 내 코드는 다음과 같습니다.

handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxdate='2017/02/19',datetype='mdat') 
results = Entrez.read(handle) 
for row in results["eGQueryResult"]: 
     if row["DbName"]=="nuccore": 
      print(row["Count"]) 

그러나 결과적으로 용지가 없습니다. term = 'cancer'를 추가하면 문서의 힙이 생깁니다. 검색어에 검색어라는 키워드가 필요한 것 같습니다.하지만 특정 주제에 대한 논문이 아닌 모든 논문을 원합니다. 어떤 아이디어가 이것을 어떻게? 감사 칼

Answer 1

term는 required parameter이다, 그래서 당신은 Entrez.egquery로 호출을 생략 할 수 없습니다. 당신은 지정된 기간 내의 모든 서류가 필요한 경우

, 당신은 아마 a local copy of MEDLINE and PubMed Central이 필요합니다 MEDLINE에 대한

, 이것은 license을 받고 포함한다. PubMed Central의 경우 은 ftp에 의해 오픈 액 세스 하위 집합을 라이센스없이 다운로드 할 수 있습니다.

Answer 2

이것은 엉터리이며, 나는 의견을 듣고 싶습니다. 그러나 최신 pubmed id가 최신 종이 (같은 것이 확실하지 않습니다)와 같은 아이디어가있는 코드입니다. 기본적으로 최신 PMID에 대한 이진 검색을 수행 한 후 가장 최근에 n의 목록을 제공합니다. 이것은 날짜를 보지 않으며, 단지 PMID를 반환하기 때문에 적절한 답이라고는 확신 할 수 없지만 어쩌면 그 생각을 적용 할 수 있습니다.

CODE :

import urllib2 

def pmid_exists(pmid): 
    url_stem = 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/' 
    query = url_stem+str(pmid) 
    try: 
     request = urllib2.urlopen(query) 
     return True 
    except urllib2.HTTPError: 
     return False 


def get_latest_pmid(max_exists = 27239557, min_missing = -1): 
    #print max_exists,'-->',min_missing 
    if abs(min_missing-max_exists) <= 1: 
     return max_exists 

    guess = (max_exists+min_missing)/2 
    if min_missing == -1: 
     guess = 2*max_exists 

    if pmid_exists(guess): 
     return get_latest_pmid(guess, min_missing) 
    else: 
     return get_latest_pmid(max_exists, guess) 

#Start of program 
if __name__ == '__main__': 
    n = 5 
    latest_pmid = get_latest_pmid() 
    most_recent_n_pmids = range(latest_pmid-n, latest_pmid) 
    print most_recent_n_pmids 

출력 :

[28245638, 28245639, 28245640, 28245641, 28245642]