한 파일의 좌표를 사용하고 다른 파일의 좌표와 일치하는 값을 추가하는 Python 스크립트

Question

탭으로 구분 된 침대 파일에 원래의 게놈 좌표 집합 (chrom, start, end)이 있습니다. 또한 원래의 게놈 좌표와 각 좌표와 관련된 숫자 값을 포함하는 탭으로 구분 된 침대 파일이 추가로 있습니다. 이러한 좌표는 매번 다른 숫자 값으로 침대 파일에 여러 번 나타날 수 있습니다. 그 특정 좌표와 관련이있는 것으로 밝혀진 모든 값의 합계 수로 원래 게놈 좌표를 각각 포함하는 최종 침대 파일이 필요합니다. 내가 작업하고있는 파일의 예가 아래와 같습니다.

원본 파일 :

chr1 2100 2300 

chr2 3300 3600 

chr1 2560 2800 

다른 침대 파일 :

chr1 2100 2300 6 

chr2 3300 3600 56 

chr1 2100 2300 10 

필요한 출력 파일 :

chr1 2100 2300 16 

chr2 3300 3600 56 

chr1 2560 2800 0 

N

내가 이 작업을 수행하는 파이썬 스크립트를 작성하는 eed하지만, 최선의 방법은 무엇인지 모르겠습니다.

Answer 1

def fetch_data(filename1, filename2): 
    lines = [] 
    data = {} 
    with open (filename1) as f: 
     lines = f.readlines() 

    for line in lines: 
     if not line.strip(): 
      continue 
     data[' '.join(line.split())] = 0 

    with open (filename2) as f: 
     lines = f.readlines() 

    for line in lines: 
     if not line.strip(): 
      continue 
     arr = line.split() 
     data[' '.join(arr[:-1])] += int(arr[3]) 

    return data 


with open ('output.txt', 'w') as f: 
    for key,value in fetch_data('original.txt','data.txt').iteritems(): 
     f.write('{0} {1} \n\n'.format(' '.join(key.split()), str(value))) 

Answer 2

이 팬더는 정말 쉽게 그런 것들 중 하나입니다

import pandas 
coordnames = ['Name', 'x', 'y'] 
f1 = pandas.read_table('file1', delimiter=r' +', 
         names=coordnames).dropna() 
f2 = pandas.read_table('file2', delimiter=r' +', 
         names=coordnames + ['n']).dropna() 
result = (f1.merge(f2, on=coordnames, how='left') 
      .groupby(coordnames).sum().fillna(0))