rgl : tSNE 클러스터를 기반으로 채색 할 때 8 색 이상을 사용하는 방법

Question

다음 코드를 실행합니다. tSNE를 사용하여 15 개의 클러스터를 얻지 만 클러스터 (즉, ID)로 색상을 지정할 때 최대 8 색.

library(Seurat) 
library(rgl) 

example <- RunTSNE(example, dims.use = PC, do.fast = TRUE, dim.embed = 3) 

example_1 <- example@dr$tsne@cell.embeddings[,1] 
example_2 <- example@dr$tsne@cell.embeddings[,2] 
example_3 <- example@dr$tsne@cell.embeddings[,3] 

plot3d(x = example_1, y = example_2, z = example_3, col = 
as.numeric(example@ident)) 

생성 된 3D tSNE 플롯이 동일한 색상의 다른 클러스터를 가지고 있기 때문에 이것은 문제가됩니다.

더 많은 색상 (15)을 사용하여 모든 클러스터마다 고유 한 색상이있는 다른 방법이 있습니까? 감사합니다. .

Answer 1

이것은 G5W와 나 자신의 의견을 확대합니다.

rgl은 색상을 지정하기 위해 표준 기본 그래픽 시스템을 사용합니다. 팔레트에 이름, RGB 인코딩 또는 번호로 지정할 수 있습니다. 이 시스템에 대한 자세한 내용은 ?col2rgb 도움말 페이지를 참조하십시오.

15 개의 개별 숫자 값을 사용하려면 기본 팔레트보다 큰 팔레트를 설정해야합니다. ?rainbow 도움말 페이지는 색상을 생성하는 몇 가지 기능을 설명합니다. 더 좋은 팔레트를 정의하는 RColorBrewer 패키지도 있지만, 15 가지 색상을 가진 패키지는 없습니다.

rainbow(15)을 사용하면 15 가지 색상이 나옵니다.

palette(rainbow(15)) 

을 plot3d 전화보다 먼저 추가하면 자동으로 받게됩니다. 그런 다음 전설은 비트 맵

legend3d("right", legend = levels(example@ident), fill = palette()) 

사용하여 범례를 추가, 그래서 당신은 인쇄를 위해 이미지를 저장하려는 경우, 범례를 추가하기 전에 전체 크기로 창을 확장 할 수 있습니다.