str.format는 마지막 변수를 먼저 인쇄합니다.

Question

이 스크립트의 목적은 텍스트 파일 (sys.argv [1])을 구문 분석하고 특정 문자열을 추출하여 열에 인쇄하는 것입니다. 머리글을 인쇄하는 것으로 시작합니다. 그런 다음 파일을 열고 그 파일을 한 줄씩 살펴 봅니다. 그 라인이 특정 시작을 가지고 있는지 또는 특정 문자열을 포함하는지 확인한 다음 정규 표현식을 사용하여 특정 값을 추출합니다. 일치 및 추출이 올바르게 작동합니다.

최종 인쇄문이 제대로 작동하지 않습니다.

import re 
import sys 

print("{}\t{}\t{}\t{}\t{}".format("#query", "target", "e-value", 
"identity(%)", "score")) 



with open(sys.argv[1], 'r') as blastR: 
    for line in blastR: 
     if line.startswith("Query="): 
      queryIDMatch = re.match('Query= (([^ ])+)', line) 
      queryID = queryIDMatch.group(1) 
      queryID.rstrip 
     if line[0] == '>': 
      targetMatch = re.match('> (([^ ])+)', line) 
      target = targetMatch.group(1) 
      target.rstrip 
     if "Score = " in line: 
      eValue = re.search(r'Expect = (([^ ])+)', line) 
      trueEvalue = eValue.group(1) 
      trueEvalue = trueEvalue[:-1] 
      trueEvalue.rstrip() 
      print('{0}\t{1}\t{2}'.format(queryID, target, trueEvalue), end='') 

열을 인쇄하려고하면 문제가 발생합니다. 내가 추가 할 때

#query target e-value identity(%) score 
YAL002W Paxin1_129011 
YAL003W Paxin1_167503 
YAL005C Paxin1_162475 
YAL005C Paxin1_167442 

제 3 열은 2E-34

같은 과학적 표기법의 숫자입니다하지만 : 내가 처음이 열을 인쇄 할 때, 그것은 예상대로 (여전히 새로운 라인을 인쇄하는 사용자들은 제외) 작동 3 열은 eValue, 그것은 분해 :

#query target e-value identity(%) score 
YAL002W Paxin1_129011 
    4e-43YAL003W Paxin1_167503 
    1e-55YAL005C Paxin1_162475 
    0.0YAL005C  Paxin1_167442 
    0.0YAL005C  Paxin1_73182 

나는 rstrip() 메소드를 사용하여, 지금까지의 내가 알고, 모든 새로운 라인을 제거했습니다.

Answer 1

적어도 세 가지 문제 :

1) queryID.rstrip 및 target.rstrip 것은 ()을 닫는 부족

는

2) 문자열을 변이하지 않는 trueEValue.rstrip() 같은 무언가가, 당신은

trueEValue = trueEValue.rstrip() 

당신이 경우 필요 변화를 지키고 싶다.

3)이 은 일 수 있습니다. 문제가 되겠지만 데이터가 표시되지 않으면 100 % 확신 할 수 없습니다. 의 r은 "올바른"의미입니다. trueEvalue이 4e-43\n이면 trueEValue.rstrip()에 개행이없는 것이 맞습니다. 그러나 문제는 귀하의 가치가 \n43-43과 같은 것으로 보입니다. 단순히 .strip()을 사용하면 개행 문자가 양쪽에서 제거됩니다.