R 통계 패키지 : GOFrame 객체 래핑

Question

지원되지 않는 생물체의 R에서 유전자 온톨로지 매핑을 생성하는 GOFrame 객체를 생성하려고합니다 (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf 참조).

그러나 지침에 따라 문자 그대로 도움이되지 않습니다. 여기에 나는이 실수를

Error: could not find function "GOFrame" 

I를 얻을, 나는 goFrame 객체로 내 dataframe를 매핑 할 때 코드가 나는, 그러나

library("AnnotationDbi") 
library("org.Hs.eg.db") 
frame = toTable(org.Hs.egGO) 
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id) 
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens") 

(우분투의 코알라 64 비트에 R 2.9.2)을 실행입니다 GOFrame 래퍼가 AnnotationDBI 라이브러리에 있다는 것이 확실하므로 당황 스럽습니다. 도움이됩니다 .-)

Answer 1

R 버전이라고 생각합니다. GOFrame 랩핑은 최신 릴리스 이후에만 Bioconductor AnnotationDBI에서 지원되는 것으로 설명됩니다.

방금 ​​해 보았습니다. 2.10.0

즐기십시오!

Answer 2

package description에 따르면 Go.db 패키지는 의존하지 않고 제안됩니다. 따라서 간단하면

library(GO.db) 

이 필요한 것 같습니다.