히트 맵을 사용하여 히트 맵에 행 이름 추가

Question

Rstudio에서 일부 유전자 표현의 히트 맵을 그리지 만 행 이름 (샘플 또는 유전자 이름이어야 함)은 숫자로 대체됩니다. 나는 some posts 그러나 기회 없음을 점검했다.

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library(heatmaply) 

filename <- "TFzebra-TMM-name.matrix" 

head(filename) 

my_data <- read.table(filename, sep='\t', quote='', stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) 
head(my_data) 
dim(my_data) 
nrow(my_data) 
ncol(my_data) 
row.names(my_data) <- my_data$samples 
head (my_data) 
my_data <- my_data[, -1] 
head(my_data) 
data <- my_data/rowSums(my_data) 
my_matrix <- as.matrix(data) 

heatmaply(data, xlab = "Features", ylab = "Transcription Factors", 
      scale = "column", 
      main = "Data transformation using 'scale'", 
      margins = c(60,100,40,20)) 

참고 :

> head (my_data) 
    samples J1 J2 J3 H1 H2 H3 
1 zf-C2H2 0.00 0 0 0.507 0.232 0.540 
2  baz2a 0.00 0 0 0.355 0.342 0.132 
3 baz2ab 0.00 0 0 0.091 0.070 0.163 
4 kdm5ba 0.00 0 0 1.835 0.856 1.527 
5  dbpa 0.00 0 0 5.344 5.355 0.000 
6 LOC555983 0.02 0 0 0.294 0.634 0.835 

NOTE2 :

> my_data <- my_data[, -1] 
> head(my_data) 
    J1 J2 J3 H1 H2 H3 
1 0.00 0 0 0.507 0.232 0.540 
2 0.00 0 0 0.355 0.342 0.132 
3 0.00 0 0 0.091 0.070 0.163 
4 0.00 0 0 1.835 0.856 1.527 
5 0.00 0 0 5.344 5.355 0.000 
6 0.02 0 0 0.294 0.634 0.835 

Answer 1

이 간단한 질문이나 내 R 스크립트는 내가 여기

R.

에 새로운 오전, 중복 인 경우 죄송합니다

첫 번째 열을 row.names 특성에 추가해야합니다 (예 : rownames 함수를 사용하여 매우 일관성이 없습니다.) 그것을 제거하십시오. 즉 : 미래에 대한

rownames(my_data) <- my_data[, 1] 
my_data <- my_data[, -1] 
library(heatmaply) 
heatmaply(my_data) # should now work 

- 당신은 사람을 요구하고 있기 때문에하는 것은 당신이 (무료), 당신은 당신을 최대한 활용하기위한 노력을 한 것을 먼저 제시해야 자신의 시간에서 도움을주고 있음을 기억하시기 바랍니다 가능한 시간입니다. 당신이 거기에 글을 게시하기 전에 사람들이 대답 할 수 있도록 필요한 모든 정보를 포함하도록 질문을 확장하십시오 (특히 자신이 포함 된 예제가 포함되도록하십시오). 좋은 질문을 작성하는 방법에 대한 다음 두 가이드를 읽으십시오. 그러면 도움이 필요한지 확인할 수 있습니다. http://stackoverflow.com/help/how-to-ask