Seurat 객체에 메타 데이터 추가

Question

단일 셀 RNA-Seq 분석을 위해 "Seurat"라는 R 패키지로 작업하고 있습니다. Seurat 개체에 개별 셀 샘플에 대한 메타 데이터 정보를 추가하려고합니다. 그러나 하류 플로팅 명령이 작동하지 않습니다. 메타 데이터가 올바른 슬롯과 열에 추가되었는지 확인하기 위해 수정 된 Seurat 개체를 검사하는 방법을 알고있는 사람이 있는지 궁금합니다.

메타 데이터를 추가하려면 다음 명령을 사용했습니다. 목록이 훨씬 더 긴하지만 첫 번째로 축약 :

먼저 나는 형사 객체

> Cells <- WhichCells(sleuth_object) 

다음

나는 숫자 1-3이 주를 사용하여 형태 학적으로 결정된 세포 유형의 목록을 생성에서 셀 이름을 추출 여기에 3

> MorphCellTypes = c(1,2,3) 

그때 나는 data.frame

> MorphCellTypesDF = data.frame(Cells, MorphCellTypes) 

로 함께 세포와 MorphCellTypes 병합

그때 나는 이것은 반환

> TSNEPlot(pbmc, do.label = TRUE, pt.size = 3, group.by = MorphCellTypes 

다음 명령을 사용하여 TSNEPlot 그것을 시각화하려고 성공적

> AddMetaData(Sleuth_object, MorphCellTypesDF, col.name = MorphCellTypes 

를 실행 한 다음 명령을 사용하여 형사 객체에이 MorphCellTypesDF 메타 데이터를 추가하려고 다음 오류 :

“Error in DimPlot(object, reduction.use = "tsne", cells.use = cells.use, : 
    object 'MorphCellTypes' not found” 

그래서 나는 내 생각에 잘못된 위치에 메타 데이터를 추가하고 있다고 생각합니다. 개체 또는 내가 어떻게 든 col.name 엉망입니다. 어느 쪽이든 내가 AddMetaData 또는 TSNEPlot() 함수를 잘못 사용하고있는 것 같습니다. 혹시라도 오류를 발견하거나 AddMetaData를 사용하는 방법을 보여 주면 매우 감사하겠습니다.

Answer 1

많은 시행 착오 끝에 실험용 메타 데이터의 열을 성공적으로 추가하는 방법을 발견했습니다. 트릭은 데이터를 추가하는 동안 Seurat 객체에서 올바른 형식을 유지하는 것이 었습니다. 필자는 pbmc@data.info 테이블을 복사 한 다음 열을 추가하여 수정했습니다. 그런 다음 수정 된 표를 다시 Seurat로 가져옵니다. 다음 코드는 Gene_ID라는 난수 열을 pbmc@data.info 슬롯의 Seurat 객체에 추가합니다. 그런 다음 시각화를 사용하여이 데이터의 추가를 테스트합니다.

CellsMeta = pbmc@data.info 
head(CellsMeta) 

randomnumbers <- runif(2700, 0.0, 1.1) 

CellsMeta["Gene_IDs"] <- randomnumbers 
head(CellsMeta) 

CellsMetaTrim <- subset(CellsMeta, select = c("Gene_IDs")) 
head(CellsMetaTrim) 

pbmc <- AddMetaData(pbmc, CellsMetaTrim) 

head(pbmc@data.info) 

VlnPlot(pbmc, c("nGene", "nUMI", "Gene_IDs"), nCol = 3)