저는 유동 세포 계측법을 연구하고 있습니다. 파이썬을 사용하여 .fcs 파일을 구문 분석하고 싶습니다. 나는 인터넷에 모듈이 fcm 인 것을 연구했다. 그러나 그것은 Linux OS 용이고 나는 창에서 일하고있다..fcs 파일을 읽는 중
저는 파이썬을 사용하여 Windows에서 .fcs 파일을 구문 분석 할 수있는 방법을 알고 싶습니다.
아무도 내가 창문에 fcm을 어떻게 사용할 수 있는지 알고 있다면 친절하게도 알려주십시오.
Pyfcm은 Windows에서 작동합니다. fcs 파일로드에 대한 자습서는 http://packages.python.org/fcm/basic.html입니다. 설치는 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#py-fcm
체크 아웃 FlowPy을 확인하십시오. download page에 나열된 사전 요구 사항은 모두 Windows 바이너리 링크입니다. 멋진 FCS GUI (그리고 비 GUI) 프로젝트 인 것 같습니다.
덕분에 도움이되었습니다. – sam
에있다 그러나 데이터 유동 세포 계측법 분석을위한 또 다른 파이썬 프로젝트는 FlowCytometryTools입니다 : http://gorelab.bitbucket.org/flowcytometrytools/
파이썬이 필요한 의존성 (하기 matplotlib, 팬더 등)로 설정 한 후,이 모든 운영 체제에서 작동합니다 .
안녕하세요, Eugene, 설치 페이지에서 "python 3.0 이상이 아직 지원되지 않습니다!"라는 종속성에 대해 언급했습니다. 모퉁이 돌면 지원됩니까? 목록에있는 다른 대체 도구 중 파이썬 3을 지원할 수 있는지 알고 있습니까? 나는 그들 모두를 시험해 보았고 3.0으로 이식 된 사람이 없다고 생각한다. 감사합니다 – jxramos
우리는 당분간 지원을 추가 할 계획이 없습니다. 파이썬 2.7을 나란히 설치하여 설치할 수 있습니까? 내가 알고있는 파이썬 API가있는 유일한 도구는 pyfcm이며 Python 3.0 이상에서 작동하는지 여부는 알 수 없습니다. –
감사합니다. Eugene, 저는 2to3을 사용하여 소스를 통해 업그레이드를하고 있으며 필요한 모든 변경 사항을 사용자에게 전달할 계획입니다. 지금까지 꽤 부드러 웠지만, _ver 및 _doc에 대한 __init__.py 가져 오기에 매달려 있는데, 이는 어떤 이유로 든 새로운 상대 경로 규칙으로 어려움을 겪고 있습니다. 또 다른 해결 방법은 하나의 가져 오기 구문을'.core 그래프에서 그래프로 가져 오기 '로 변경하는 것입니다. 다행히도 이것이 빌드 할 수있는 마지막 장애물이고 잘하면 런타임이 유효 할 것입니다. – jxramos
C 컴파일러를 설치해야합니다. 설치 프로그램은 기본적으로 msvc9를 시도합니다. –
나는 c 컴파일러를 이미 가지고있다. 어떻게 파이썬을 사용하여 .fcs 파일을 구문 분석 할 수 있는지 알고 싶습니다. – sam
pip를 사용하여 fcm 모듈을 설치하려고하면 설치 프로세스가 Windows의 msvc9를 사용하여 "C"부품을 컴파일하려고 시도합니다. –