2012-06-26 4 views
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$ m = 4 $ 마우스 그룹 (예 : group1, group2, group3, group4)이 있습니다. 각 그룹마다 다른 수의 마우스가 있습니다. $ l = 4 $ 다른 상태 (즉, state1, state2, state3, state4)에서 각 그룹의 각 마우스에서 매개 변수 $ (y) $를 측정합니다. 그룹, 상태 및 그룹 상태의 효과를 분석하여 각 마우스 내에서 그리고 각 그룹 내에서 가변성을 고려한 혼합 효과 모델을 작성하고자합니다. $ group_ {m} $ 내의 마우스는 ID (1 , 2,3 ..., 마우스 그룹 수혼합 모델 용 Lme4 구문

$$ y_ {mln} = \ mu + group_ {m} + state_ {l} + (group * state) { 용액} + B {용액} + \ varepsilon_ {만명} $ B_와 $$ 는 {용액} 내 데이터 프레임은 다음의 변수가 $

$의 GROUP_ {m} 내의 n 번째 마우스 랜덤 효과 달러

value (num) 
state (factor: 4 levels) 
group (factor: 4 levels) 
id (within group) (num) 

해당 구문이 정확합니까?

lmer(value~group+state+group*state+(1|group)) 
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@ gung 귀하의 의견에 감사드립니다. 어느 장소가 가장 적합한 지 잘 모르겠습니다. 제 질문을 자유롭게 마이그레이션하십시오. – ECII

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@ECII 명시된 바와 같이, 귀하의 모델은 그룹에 대한 무작위 절편만을 고려합니다. 'id'는 당신의 공식에 나타나지 않습니다. 원한다면이 질문을 마이그레이션 할 수 있지만이 실험의 디자인에 관심이 있고 특정 통계적 질문이있는 경우이 사이트의 범위에 맞도록 게시물을 쉽게 업데이트 할 수 있어야합니다. – chl

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@chi 제 질문은 "통계적"보다 기술적 인 것이 옳다고 생각합니다. 내 질문을 마이그레이션하십시오. – ECII

답변

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는이

mouseID <- interaction(group, ID) 
lmer(value ~ group * state + (1|mouseID)) 

mouseID는 각 마우스에 대해 고유해야합니다.

그룹은 요인이므로 고정 된 부분과 임의의 부분에서 둘 다 가질 수 없습니다. 그것은 식별 할 수없는 모델로 이어질 것입니다.

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'mouseID'의 고유하지 않은 코딩을 허용하려면'(1 | group : mouseID)'를 사용할 수 있습니다. 'group'을 고정 된 효과 라기보다는 무작위로 다루기를 원한다면 (잠재적 인 개념적 정당화에도 불구하고 4 그룹만으로는 잘 작동하지 않을 수도 있습니다),'value ~ state + (state | group) + (1 | group : mouseID)':'(state | group)'은 그룹의 무작위 (인터셉트) 효과와 그룹 별 상호 작용 (무작위 임)을 추가합니다. –

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설명을 위해 Thierry와 Ben에게 감사드립니다. 위대한 의견. 나는 혼합 모델 접근법이 R에서 약간 흐리다는 것을 안다. 아마도 약간의 독서 자료를 추천 해 주시겠습니까? – ECII

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나는 Zuur 외 (2009)를 읽는 것을 즐겼다. http://www.springer.com/life+sciences/ecology/book/978-0-387-87457-9 – Thierry

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내가 당신을 위해 무엇을 찾고있는 생각이 모델은 그룹과 국가의 고정 효과뿐만 아니라 그들 사이의 상호 작용 (R가 자동으로 group*stategroup + state + group*state에 확장) 및 추정치를 추정

lmer(value ~ group*state + (1|group) + (1|id)) 

입니다 각 그룹 및 각 마우스의 영향에 대한 무작위 절편.

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답해 주셔서 고맙습니다. 저는 lme4의 구문을 마음에 그리는 데 어려움을 겪고 있습니다. 내 구문과 다른 구문은 무엇입니까? 왜, 어떻게 다른가? – ECII

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구문에는 마우스 간 차이 (각 마우스에 고유 한 'id'가 있다고 가정) 인'(1 | id)'가 포함되지 않습니다. – smillig

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아닙니다. 내 데이터 세트에서 ID는이 그룹 내에서 마우스를 식별합니다. Group1에는 12 마리의 마우스 (ID 1,2,3 ... 12)가 있고 2 그룹에는 6 마리의 마우스 (ID 1,2,3 ... 6)가 있습니다. id는 그룹 내의 각 마우스를 식별하는 역할을합니다 (이 마우스는 3 개 주에서 3 회의 측정을 갖기 때문에). 당신이 말하는 마우스의 변화는 그룹 간 또는 주 내에서 일어나는 것입니까? 시간 내 주셔서 감사합니다. – ECII