패키지 limma의 read.ilmn으로 R 읽기 주석 열

Question

패키지 패키지 은 마이크로 어레이 및 최근 RNA-seq 실험 결과를 판독하고 정규화, 피팅 선형 모델과 같은 다른 프로세스를 수행하는 데있어 최상 또는 최고의 패키지 중 하나입니다 차별적으로 발현 된 유전자를 찾고, 플롯을 만드는 등의 작업을 수행합니다.

illumina 결과를 읽는 기능에있어 read.ilmn() 함수에 사소한 문제점이 있습니다. ENTREZ_GENE_ID, REFSEQ_ID 등의 주석 열이 있다고 가정합니다. 이 열은 나중에 분석 할 수 있도록 표현식 열 (예 : PROBE_ID, SYMBOL, AVG_Signal 및 Detection.Pval)과 함께 읽어야합니다.

나는 read.ilmn()의 실패의 결과로, 이러한 열을 읽기 위해이 명령을 알리는 read.ilmn()의 annotation 및 other.columns 인수로이 컬럼의 이름을 전달하는 데 노력했다. 마지막으로 read.table() 명령으로이 열을 개별적으로 읽고이를 read.ilmn() 결과와 함께 수동으로 병합해야했습니다.

임무를 수행하는 더 좋은 방법이 있습니까?

Answer 1

마지막으로 주석 열을 수동으로 읽고이를 read.ilmn()의 목록 결과에 결합하여 문제를 해결했습니다.